症例、分離株、およびサンプル
2017 年 8 月から 12 月にかけて、マダガスカル全土で合計 2,549 人のペスト疑い患者が通報され、そのうち 1,347 人が都市部から、1,241 人が PP に分類されました。 確認された、または可能性のある PP 症例は、2017 年 8 月 28 日から 11 月 20 日までにアンタナナリボから、9 月 12 日から 10 月 27 日までにトアマシナから報告されました。 ペスト菌 2017 年の 36 件の症例から分離 (付録1 セクション 1、3、表 1)。 我々は、7つの濃縮喀痰サンプルにおいて、2017年分離株または2017年分離株を含むクレードに特異的なSNPを同定した(付録1 セクション 7、表 5)。
農村部の風土病巣におけるヒトペストの複数の出現
図1
図1。 マダガスカルにおけるペストの発生、2017 年 8 月から 11 月。A) 発生場所。 灰色の陰影は、中央および北部高地におけるペスト流行地域を示しています。 黄色の陰影は、人類の疫病が発生した 12 の地区を示しています。
図2
図2。 最尤系統発生 90 ペスト菌2017 年 8 月から 11 月にかけてマダガスカルの地方の風土病巣で得られた分離株 (太字) と参照配列。 ツリーは、発見された 483 個のコアゲノム SNP を使用して作成されました…
8月にミアリナリボ地区で始まり、2017年8月から11月にかけて、マダガスカルの複数の地方の風土病巣で、環境貯留地から独立してヒトペストが20回以上出現した（表1; 付録1 セクション8)。 これらの出来事は、中央および北部高地の 12 の異なる地区にある 19 の異なるコミューンで発生しました (表1; 図1）。 臨床 ペスト菌 そこから得られた分離株は、それらの場所から以前に分離された株と密接に関連していました (図2)、確認中 ペスト菌 これらの地域の環境に存続し続けます (10）。 これらの事象のうち少なくとも 6 件では PP が BP から生じた。 4件のPP症例を含む5件の事象に起因する確認されたヒト症例が、流行期間中に都市部で記録されている(表1）。
最初の都市型 PP 送電チェーンに関連する最初の 29 件のケース
図3
図3。 2017 年 8 月から 11 月にかけて、マダガスカルの最初の都市部 PP 伝播チェーンに関連した最初の 29 例の伝播パターン (2 年に出現 2) 表1）。 日付は病気の発症です…
患者 1 は、2017 年 8 月 25 日にアンカゾベ地区 (表1、 2; 図1、 3）彼はそこに住み、働いており、トアマシナの定住地に旅行することを選択しました。 雇用主は彼を車でアンタナナリボまで運転し、8月27日にブッシュ相乗りタクシーに乗ってトアマシナに向かった。 患者２は彼の隣に座った。 患者 3 はすぐ後ろにいます。 そして患者 5 は患者 3 の妻であり、その配偶者の隣にいた。 同じ日にモラマンガ近郊で、患者 1 は呼吸困難などの健康状態が悪化し死亡した。 患者 2 と 3 は、彼が瀕死の状態にある間、彼の世話をしました。 遺体はモラマンガ保健センターで撤去され、ブッシュタクシーはトアマシナまで続いた。
症例患者 2 は、9 月 1 日にトアマシナで PP 症状を経験し、9 月 2 日にそこで死亡した。彼の兄弟（患者 22 ）は、トアマシナからアンタナナリボまで車で、アンタナナリボからサンバヴァ・ヴォヘマルまで飛行機で、その後車で遺体を移送した。患者22は9月6日にPP症状の治療を求め、ヴォヘマルの病院に入院し、そこで回復した。 患者 23 は患者 2 の義理の兄弟で、9 月 15 日に PP 症状の治療を Vohemar に求め、無事治療を受けました。 Vohemarからは他の症例は報告されていません。 患者20は、患者2の友人で、罹患中に患者と直接接触した人物で、9月12日にPP症状でトアマシナの病院に入院した。 患者 2 はトアマシナの患者 22 とも接触した可能性があります。
患者3は9月2日にPP症状でトアマシナの病院に入院し、9月3日に死亡した。 その夜、トアマシナで通夜が執り行われた。 患者5と7（患者3の妹、マハジャンガ在住）が通夜に参列した。 患者 4 は患者 3 の世話をしていた看護師で、9 月 5 日に PP 症状を示し、治療後に完全に回復しました。 症例患者 4 からは二次感染者は確認されなかった。症例患者 7 はマハジャンガに戻り、9 月 6 日に PP 症状を経験した。 彼女は治療後に完全に回復し、マハジャンガからの追加の感染者は報告されなかった。
9月4日、患者5と6（患者3の別の姉妹）は、患者3の遺体をトアマシナからアントホマディニカ・アンタナナリボに車で移送し、そこで9月4日から6日まで再度通夜が行われ、その後、患者5、6、8、9、12、21、28人は夜の通夜か葬儀、あるいはその両方に出席した。 患者5は9月6日にPP症状を示した。患者8は9月9日にアンタナナリボで、患者9は9月5日にツィロアノマンディディ地区で、患者12は9月11日にミアリナリボ地区で、患者21はPP症状を示した。患者8、9、12、21、28は治療後に回復し、二次感染者は報告されなかった。
患者5は9月9日にファラツィホへの旅行を開始したが、途中で死亡した。 誰が彼女と一緒に旅行していたのかは不明です。 彼女の遺体はファラツィホ地区のアラツィナイ・バンドロカに運ばれ、伝統的な葬儀の後埋葬された。 患者13～19と24は全員ファラツィホ在住で、遺体の準備を手伝ったり、葬儀に参加したり、あるいはその両方を行った。 全員が9月12日（症例患者13～19）または13日（症例患者24）からPP症状を示した。 症例患者26および27は、上記症例のうち1名以上と不特定ながら接触したことが記録されており、9月14日にPP症状を示した。ファラーツィホの症例患者は全員、治療後に回復した。
患者6は9月9日にアンタナナリボでPP症状を経験し、9月11日に身体的に変調をきたして民間診療所で治療を受け、軍病院に搬送され、9月11日に死亡した。 この症例は、その後の公衆衛生上の対応のきっかけとなった、この流行による最初に確認された症例でした（13）。 アンタナナリボにおける二次感染者4名は患者6との接触から生じた：患者10および11（患者6の娘と息子、PP発症は9月11日）、患者29（患者6の義理の娘）敗血症ペストに罹患していた症例患者25（9月14日発症）は保健担当者であり、症例患者6の死体を取り扱い、消毒した。
患者 7 からマハジャンガで収集されたサンプル 121 ～ 2017 からは、唯一の ペスト菌 この伝播連鎖から得られた分離株 17/17 は、アンカゾベ、ファラツィホ、ベタフォ地区からの古い分離株と最も近縁です (図2）。 この結果は、この伝播チェーンの地理的発生源としてのアンカゾベ地区と一致しています。 患者 1 はそこに住んで働いていましたが、ファラツィホ地区やベタフォ地区への最近の旅行はありませんでした。 トアマシナの患者 4 名（135 ～ 2017 年）、ファラツィホの患者 15 名（125 ～ 2017 年）、およびヴォヘマルの患者 22 名（184 ～ 2017 年）から得られた喀痰サンプルの濃縮と配列決定（表2) 分離株 17/17 (付録1 セクション 7、表 5)、これらの症例はすべて、マダガスカルの複数の都市部や地域に広がった単一の伝播チェーンの一部であることが文書化されています。 11 月 8 日、最近市外への旅行がないアンタナナリボ居住者から 2093 ～ 2017 年の喀痰サンプルが収集されました (表1）。 このサンプルを濃縮して配列決定した後、このサンプルには、患者 15 の喀痰サンプル 125 ～ 2017 にも存在していた、分離株 17/17 に特異的な 3 つの SNP が含まれていることが判明しました (付録1 セクション 7、表 5) は、アンタナナリボにおけるこの伝播チェーンの地域社会への拡散の可能性と、少なくとも 2017 年 11 月までそこでの持続性を示唆しています。
その他のご紹介 ペスト菌 アンタナナリボへの系譜
分離株 21/17 は、9 月 29 日にアンタナナリボ居住者から採取された喀痰サンプルから得られました。 これは分離株 17/17 とは異なりますが、分離株 20/17 と同一です (図2）、9月22日にアンドラマシナ地区の農村部の居住者から収集された横痃吸引物から得られたものです（表1; 付録1 セクション8)。 この2人の間には既知の関係はなく、どちらも旅行の報告はなかった。 分離株 20/17 をもたらした人には、5 日間未満の咳などの SPP と一致する臨床症状が見られました。 不明ではあるが、この人物はアンドドラマシナ地区で文書化されていないPPの流行を引き起こした可能性がある。 このアウトブレイクで感染した別の人がアンタナナリボに旅行した可能性があり、そこで感染連鎖が起こり、21/17の感染者が感染した可能性がある。
10月1日、外国人観光客がPPの症状のためアンタナナリボの病院を受診した。 彼はアンタナナリボ郊外を旅行していたが、具体的な詳細は不明である。 彼の喀痰サンプルから分離株 35/17 が得られました。これは分離株 17/17 とは異なりますが、9 月から始まったツィロアノマンディディ地区の BP 症例から得られた複数のヒト分離株と密接に関連しています (表1; 図2）。 この発見は、観光客の最終的な感染源として、この農村地域でのペストの活動が示唆されており、観光客からの既知の二次感染者は報告されていない。 しかし、最近旅行歴のないアンタナナリボ居住者から 10 月 12 日に収集された濃縮喀痰サンプル 819-2017 の配列決定には、j 系統群に特異的な 1 つの SNP が含まれていました。 ペスト菌 マダガスカルでは (付録1 セクション 7、表 5)、アンタナナリボにおけるこの感染チェーンに関連する文書化されていない事件がさらに発生する可能性を示唆しています。 出現 10 も系統グループ j に割り当てられました (表1; 図2）、したがって、喀痰サンプル819-2017を提出した患者は、アンタナナリボへの不法旅行を含むその出来事からの伝播連鎖を通じて感染した可能性があります。
隔離 22/17 (表1）は、10月2日にアンタナナリボで翌日死亡した少女から採取された横痃吸引物から採取された。 彼女はマンジャカンドリアナ地区の田舎に住んでいました。 彼女が病気になったとき、家族は彼女を治療のためにアンタナナリボに連れて行きました。 配列決定の結果、分離株 22/17 は分離株 17/17 とは異なり、2007 年にマンジャカンドリアナ地区から分離されたヒト分離株と最も近縁でした (図2）。 この人物からの二次感染例は報告されていませんが、BP だったため、これは予想外のことではありません。
分離株 34/17 は、10 月 15 日にアンタナナリボの新生児から採取されたと伝えられている。 彼の両親はアンタナナリボの居住者で、最近旅行したことはありませんでした。 赤ちゃんは発熱し、ペストの疑いで小児病院に搬送された。 スタッフは気管支鏡を使用して喀痰サンプルを採取しました。 この新生児に起因する喀痰サンプルから分離株 34/17 が検出されました。これは分離株 17/17 とは異なりますが、アンバラバオ地区の農村地域でのペスト活動から得られた複数のヒト分離株と同一です (表1; 図2; 付録1 セクション8)。 そこで最も早く記録された症例（発症日は10月7日）は分離株32/17を生じ、BPと診断されたが、PP症状も存在した。 その後、11月下旬までこの農村地域からPP症例が報告されました。 乳児からの二次感染は報告されていないが、SNP データは、その後の密接な関係のある感染症の市中感染を示唆している。 ペスト菌 アンタナナリボで。
10 月 24 日、渡航歴のないアンタナナリボ居住者から喀痰サンプル 1494 ～ 2017 が採取されました。 そのサンプルの濃縮と配列決定により、出現12の調査の一環としてアンバラバオ地区で得られたヒト分離株30/17、32/17、33/17、34/17、および55/17に特異的なSNPが含まれていることが判明した（付録1）セクション8)。
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2024-01-24 16:51:39