アフリカ疾病予防管理センターは、アフリカ全土における病原体ゲノミクスの能力とサポートを拡大するプログラムの一環として、現代のデータサイエンスの柱であるデータキュレーションに関する初のトレーニングを主催しました。
アディスアベバ、6月21日-アフリカ疾病予防管理センター（アフリカCDC）は、2023年にアフリカ初の病原体データ共有プラットフォームを立ち上げることを踏まえ、2024年6月18日から20日まで、エチオピアのアディスアベバで3日間のデータキュレーションに関するワークショップを開催しました。
米国国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センター（NCBI）と共同で実施されたワークショップには、加盟国20か国の公衆衛生研究所から参加者が集まりました。
このワークショップは、アフリカCDCのアフリカ病原体データ共有およびアーカイブプラットフォーム（別名Agari）に不可欠なもので、アフリカCDCが公衆衛生目的で共有する前にデータの検証と妥当性確認を迅速化することを目的として初めて提供するものです。この大陸規模のプラットフォームは、アフリカ全土の国立公衆衛生機関、国立リファレンスラボ、研究機関、学術機関が病原体配列と関連メタデータをアップロード、管理、共有し、加盟国全体で協調して公衆衛生上の脅威に効果的に対応するために使用することを目的としています。
南アフリカ国立バイオインフォマティクス研究所所長でアフリカCDCのゲノム科学およびバイオインフォマティクスの上級顧問を務めるアラン・クリストフェルス教授は、「データキュレーションは、システムに取り込まれる公衆衛生データの正確性と有用性を保証するため、Agariのセットアップと使用を成功させる鍵となる」と述べた。訓練を受けたデータキュレーターとデータキュレーションの訓練は、どちらもアフリカでは見つけるのが難しいとクリストフェルス教授は指摘した。
「理想的には、公衆衛生での使用と利益の共有のために再現可能なデータをサポートするために、アフリカでデータキュレーターのコミュニティを成長させるべきだ」と彼は語った。
このワークショップは、そのようなコミュニティを構築し、NCBI との連携を強化するための第一歩となりました。トレーニングは、一連の講義と長時間のハンズオン セッションで構成されました。プログラムには、データ キュレーションと Web ベースのデータ キュレーション ツールにおける確立されたベスト プラクティスの調査が含まれており、参加者は、データのクリーニング、フォーマット、および国、地域、およびグローバル リポジトリとの共有の手順を段階的に理解できるようになります。
「プラットフォーム上で利用できるツールを十分に活用できていないとは信じられない」と、ナイジェリアのアブジャにある疾病管理予防センターのゲノム部門責任者、オルソラ・アヌオルワポ氏は語った。
ワークショップに参加したアヌオルワポ氏はナイジェリアに関心を持ち、病原体のゲノム配列解析に取り組んでおり、学部生時代から数年間にわたりNCBIプラットフォームを利用している。
「私たちが学んだ教訓の一つは、現場で多くのサンプルを収集し、分析して公表するのですが、メタデータを忘れるとサンプルや努力が無駄になり、結果とその出所を結び付けることができないということです」と彼女は語った。
アヌオルワポ氏は、NCBI データベースには、データの分析と利用可能化にかかる所要時間を最小限に抑えるのに役立つツールが多数あると付け加えた。
ボツワナ国立公衆研究所で生物学データを扱うソルワナ・ペロゴシ氏は、ワークショップで遺伝子バンクやPubmedなどのNCBIデータベースに関する知識を身につけたと語った。「これらのリソースを理解することで、データの検索と分析をより効率的に行うことができるようになります」と彼女は語った。
「提出されたデータは質が高く、必要な基準や形式を満たし、簡単にアクセスでき、科学界にとって価値のある一貫性と信頼性があることを保証することが重要であると教えられました」とペロゴシ氏は語った。
このワークショップは、ゲノム疫学のための公衆衛生同盟 (PHA4GE) のデータキュレーション技術ワーキング グループの推奨に従って、Agari に保管されるデータの初期品質管理を開発するものです。チームには、SANBI、PHA4GE、モザンビーク国立衛生研究所、モロッコのモロッコ パスツール研究所、ウガンダ国立公衆衛生研究所、セネガルのダカール パスツール研究所のメンバーが参加しました。
同グループはまた、Agari プラットフォームのメタデータを標準化するための標準操作手順 (SOP) も開発しました。この SOP は、データ標準の確立に取り組む世界的連合である PHA4G の作業に基づいています。
「このワークショップは、アフリカにおけるゲノムデータの品質向上と確保を目的に、毎年100人のデータキュレーターを育成するアフリカPGI計画の一環です」と、アフリカCDCのバイオインフォマティクスデータサイエンティスト、ハリス・オニウェラ博士は述べています。
アフリカCDCについて
アフリカ CDC について: アフリカ疾病管理予防センター (アフリカ CDC) は、アフリカ連合の大陸自治公衆衛生機関であり、加盟国による保健システムの強化、監視、緊急対応、疾病の予防と管理の改善を支援しています。詳細については、次の Web サイトをご覧ください。 http://www.africacdc.orgメディア連絡先 マーガレット・エドウィン、コミュニケーションおよび広報部門ディレクター：アフリカCDC 電話：+251 986 632 878 | メール：[email protected]
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2024-06-23 07:27:31