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2024-08-14 00:00:00
DNAやタンパク質に結合する低分子薬剤をクロマチン上でマッピングすることは、その機能を理解する上で重要です。エピジェネティックな環境内でのこれらの結合ダイナミクスを研究することで、細胞タイプ特異的な薬剤の作用に関する理解を深めることができます。 ネイチャーメソッド Dong らによる論文では、小分子薬物結合と単一細胞におけるマルチモーダルエピジェネティックプロファイリングを組み合わせた方法である scEpiChem が紹介されています。
scEpiChem は、抗ビオチン抗体で捕捉されたビオチン化小分子薬を使用し、その後、バーコード化されたタンパク質 A-Tn5 とコンビナトリアルバーコーディングを使用して標的タグメンテーションを行います。著者らは、BET ブロモドメインタンパク質阻害剤 JQ1、CDK7 阻害剤 THZ1、トポイソメラーゼ II 阻害剤ドキソルビシンの 3 つの小分子薬でこのアプローチを検証しました。その後、標的タンパク質のプロファイリングと、ヒストン修飾やクロマチンアクセシビリティなどのエピゲノム特性を組み込みました。
#単一細胞における薬物クロマチン結合とエピジェネティックランドスケープの共同プロファイリング