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規模のウイルスゲノムの翻訳された領域をプロファイリングします

ウイルスゲノムシーケンスは急速に進行していますが、翻訳された領域などの要素の機能的注釈は、ほとんどのウイルスではまだ不完全です。計算アプローチは、オープンリーディングフレーム（ORF）のプロファイリングにおける課題に直面しており、実験方法はスループットの低さによって制限されています。書き込み 科学、Weingarten-Gabbay et al。ここで、単一の実験で、数百のウイルスの翻訳された領域をスクリーニングするために、非常に平行なリボソームプロファイリング方法を報告します。著者らは、オリゴヌクレオチド合成ライブラリをトランスフェクトしました。各オリゴヌクレオチドには、一定のプライマーが挟まれ、過剰発現ベクターにクローン化された200ヌクレオチドウイルス配列が2つのヒト細胞株になり、リボソームプロファイリングを行いました。オリゴヌクレオチドは、679のウイルスゲノムにおける5 '非翻訳領域と3,976遺伝子のコーディング配列の開始に及びました。リボソームプロファイリングにより、4,208の非標準ORFが特定されました。著者は、合成ライブラリのリボソームフットプリントのパターンを4つの天然のウイルス感染症と比較したとき、各分析から発生したフットプリントの位置間に強い整合性を発見しました。 #規模のウイルスゲノムの翻訳された領域をプロファイリングします