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ケララ州は中央集権的な検査と検査結果の束縛を破る

ニパウイルスのような高病原性ウイルスの発生時には、ウイルスの拡散を封じ込めるために接触者の追跡と濃厚接触者の隔離が重要になります。公衆衛生上の対応は、サンプルを迅速に検査して初めて開始できます。ケララ州でこれまでに起きた4回のニパウイルス流行とは大きく異なり、7月20日、ニパウイルス検査用のサンプルがプネ国立ウイルス学研究所とティルヴァナンタプラムにある州政府の高度ウイルス学研究所（IAV）に送られた。2022年に完全に機能するようになった高度ウイルス学研究所は、4時間でサンプルを検査し、午前9時までにニパウイルス陽性検査結果を保健局に伝えた。ケララ州は夕方までプネ国立ウイルス学研究所（NIV）によるニパウイルスの確認を待ってから、流行の公式発表を行った。ニパウイルスがNIVによって確認される前から、ケララ州はIAV研究所の結果に基づいてウイルスの拡散を防ぐための行動を開始し、最新の流行の中心地であるマラプラムに管理室を設置し、マンジェリにある公立医科大学病院に30床の隔離病棟を設置し、2つのパンチャーヤットで移動制限を課した。また、ニパウイルス患者の移動経路マップは7月20日の夜に公表された。 昨年、ケララ州が独自にニパウイルス検査を行うことが許可されたのは、発生から11日後、NIVで323のサンプルが検査された後の9月20日になってからだった。最新の発生では、最初の症例に加え、先端ウイルス学研究所が濃厚接触者のすべてのサンプルを検査している。いずれの場合も、検査は4時間で完了し、州政府に直ちに通知された。対照的に、サンプルがNIVに送られた場合、結果がわかるまでに約24時間かかる。先端ウイルス学研究所は BSL-2 施設であり、BSL-3 の慣行に従っています。ニパウイルスについては、研究所にはクラス 3 のバイオセーフティ キャビネットがあり、密閉された 100% 陰圧設備があり、ウイルスの不活性化に使用されていると、先端ウイルス学研究所所長の E. スリークマール博士は述べています。 BSL-3施設は、ウイルスを分離、培養し、動物で検査する場合にのみ必要であり、ニパウイルスの検査には必要ありません。 IAV 研究所は、ニパウイルス、ジカウイルス、チャンドラプラウイルス、インフルエンザなど 83 種類のウイルスを検査できる設備を備えている。「1 つのサンプルで 30 ～ 35 の検査を実施し、病原体を特定することができます」とスリークマール博士は言う。「複数の州で発生している多くの感染拡大では、サンプルを国立感染症研究所に送る必要があるため、診断と確認が遅れているが、ケララ州で見られるような分散型モデルでは、新たな病原体への迅速な対応が可能になる」と、ヴィシュワナートがんケア財団の上級コンサルタント、ヴィノド・スカリア博士は言う。 頻繁な流行を考慮すると、新興感染症の検査とゲノム配列解析は州レベルで分散化される必要があり、より迅速な公衆衛生対応を可能にするためにNIVへの過度の依存を終わらせる必要があります。分散型検査の重要性は、最近グジャラート州で注目された。同州は、小児の急性脳炎の発生後にプネの国立感染症研究所にサンプルを送ったが、多くの症例で死因が不明のままだった。発生から3週間後、グジャラート州政府は7月18日、代わりにサンプルをガンディナガルにあるグジャラートバイオテクノロジー研究センターに送ることを決定した。同センターは、死因となっているウイルスを特定するために全ゲノム配列解析を行うBSL-2実験室設備を備えている。 アーメダバードミラー 報告によると、同様に、NIVがジカウイルスのサンプルで圧倒されたため、プネ市当局は7月初旬、より迅速な検査結果を得るためにプネのBJ医科大学にサンプルを送ることを検討していた。ゲノム配列解析ケララ州の高度ウイルス学研究所はニパウイルスの検査をリードしているだけでなく、初めてニパウイルスゲノムの部分的な配列決定も行いました。「FおよびGタンパク質コード領域の部分的な配列決定を実施しました。 [of the Nipah virus]「コーディング領域は、この地域で以前に報告された株と完全に保存されていました（ヌクレオチドとアミノ酸の両方のレベル）。」とスリークマール博士は述べています。 スカリア博士は、このウイルスと過去の流行との関連性を確立することで、分子疫学が可能になったと述べています。 IAV はまもなくウイルスの全ゲノム配列決定に着手する予定です。 現在、部分的なゲノム配列の注釈付けが行われており、注釈付けが完了次第、IAV はゲノムデータを公開する予定です。過去数か月間に、複数の州でH5N1とジカウイルス、グジャラート州でチャンディプラウイルス、ケララ州でニパウイルスの発生と、多くの発生がありました。これらのウイルスの多くのサンプルがNIVで陽性と判定されましたが、これらのウイルスのゲノム配列はまだ公開されていません。ニパウイルスの場合、2018年の最初の発生以来、6〜12か月の遅延の後、ゲノム配列はNIVによって公開されました。2021年にケララ州で収集されたジカウイルスのサンプルの場合も、ゲノムデータの提示に同様の遅延が見られました。「公衆衛生上の重要性と学術上の必然性の間には明確な区別があります」と、ゲノムデータをできるだけ早く公開データベースに掲載することについてスリークマール博士は述べています。「ゲノム配列データの公開が遅れると、診断法の構築、病原体の進化とは別にその導入と遺伝疫学を理解するためのデータの使用に重大な影響を及ぼします。これらはすべて、流行に対する公衆衛生の対応において重要です」とスカリア博士は述べています。 #ケララ州は中央集権的な検査と検査結果の束縛を破る