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ovrlpy を使用した空間トランスクリプトミクス データ内の 3D シグナルの重複の特定

Vandereyken, K.、Sifrim, A.、Thienpont, B. & Voet, T. 単一細胞および空間マルチオミクスの方法と応用。 ナット。ジュネ牧師。 24、494–515 (2023)。論文 CAS PubMed Google Scholar Chen, H.、Li, D.、Bar-Joseph, Z. SCS: 高解像度空間トランスクリプトミクスのための細胞セグメンテーション。 ナット。メソッド 20、1237–1243 (2023)。論文 CAS PubMed Google Scholar Fang, S. et al.空間トランスクリプトミクスにおける計算的アプローチと課題。 による。プロテオーム。バイオインフォーム。 21、24–47 (2023)。記事 Google Scholar Fu、X.ら。…

ovrlpy を使用した空間トランスクリプトミクス データ内の 3D シグナルの重複の特定

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2026-02-10 00:00:00

  • Vandereyken, K.、Sifrim, A.、Thienpont, B. & Voet, T. 単一細胞および空間マルチオミクスの方法と応用。 ナット。ジュネ牧師。 24、494–515 (2023)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Chen, H.、Li, D.、Bar-Joseph, Z. SCS: 高解像度空間トランスクリプトミクスのための細胞セグメンテーション。 ナット。メソッド 20、1237–1243 (2023)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Fang, S. et al.空間トランスクリプトミクスにおける計算的アプローチと課題。 による。プロテオーム。バイオインフォーム。 21、24–47 (2023)。

    記事 Google Scholar

  • Fu、X.ら。 BIDCell: 細胞内空間トランスクリプトミクス データのセグメンテーションのための生物学的情報に基づいた自己教師あり学習。 ナット。一般。 15、509 (2024)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Shu, J.、Fu, H.、Qiu, G.、Kaye, P.、Ilyas, M. デジタル組織病理学画像で重複する細胞核をセグメント化する。 年。内部。会議IEEE Eng.医学。バイオル。社会 2013年、5445–5448 (2013)。

    PubMed Google Scholar

  • Palokangas, S.、Selinummi, J.、Yli-Harja, O. 組織切片画像におけるひだのセグメンテーション。 年。内部。会議IEEE Eng.医学。バイオル。社会 2007年、5642–5645 (2007)。

    PubMed Google Scholar

  • Taqi, SA、Sami, SA、Sami, LB & Zaki, SA 病理組織学におけるアーチファクトのレビュー。 J. Oral Maxillofac.パソル。 22、279 (2018)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Moses, L. & Pachter, L. 空間トランスクリプトミクス博物館。 ナット。メソッド 19、534–546 (2022)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • Yao、Z.ら。マウス脳全体の細胞タイプの高解像度トランスクリプトームおよび空間アトラス。 自然 624、317–332 (2023)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 中枢神経系の形成と機能の設計者として、ニュージャージー州アレンとDA グリアのライオンズ。 科学 362、181–185 (2018)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Megı́as, M.、Emri, Z.、Freund, TF & Gulyás, AI 海馬 CA1 錐体細胞上の抑制性および興奮性シナプスの総数と分布。 神経科学 102、527–540 (2001)。

    論文 PubMed Google Scholar

  • Park, J. et al. in situ トランスクリプトミクス データから細胞セグメンテーションを行わずに細胞型を推定します。 ナット。一般。 12、3545(2021)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Müller-Bötticher, N.、Tiesmeyer, S.、Eils, R. & Ishaque, N. Sainsc: in situ キャプチャ データのセグメンテーションフリー分析のための計算ツール。 小さなメソッド 9、2401123 (2025)。

    論文 PubMed Google Scholar

  • Petukhov、V. et al。イメージングベースの空間トランスクリプトミクスにおける細胞セグメンテーション。 ナット。バイオテクノロジー。 40、345–354 (2022)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • ジョーンズ、DC 他セルセグメンテーションとしてのセルシミュレーション。 ナット。メソッド 22、1331–1342 (2025)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Wolock, SL、Lopez, R. & Klein, AM Scrublet: 単一細胞トランスクリプトーム データにおける細胞ダブレットの計算による同定。 セルシステム。 8、281–291 (2019)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • マルコ・サラス、S. 他品質評価とベストプラクティス分析ワークフローにより、Xenium in situ データ ユーティリティを最適化します。 ナット。メソッド 22、813–823 (2025)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Mitchel, J.、Gao, T.、Petukhov, V.、Cole, E. & Kharchenko, PV 空間トランスクリプトミクスにおけるセグメンテーション エラーの影響と修正。 ナット。ジュネット。 https://doi.org/10.1038/s41588-025-02497-4 (2026)。

  • 新鮮な冷凍マウスの脳を複製し、Xenium Onboard Analysis 1.0.2 を使用して In Situ 遺伝子発現データセットを分析 (10x ゲノミクス、2023)。

  • Pokrajac, NT、Tokarew, NJA、Gurdita, A.、Ortin-Martinez, A. & Wallace, VA 髄膜マクロファージは前腫瘍細胞のケモカインシグナル伝達を阻害し、マウス髄芽腫の発生を抑制する。 開発者細胞 58、2015 ~ 2031 年 (2023 年)。

    論文 CAS PubMed Google Scholar

  • レムシク、J.ら。軟髄膜線維芽細胞の特性評価、単離、および in vitro 培養。 J. Neuroimmunol. 361、577727(2021)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Tiklová, K. et al.単一細胞トランスクリプトミクスにより、パーキンソン病モデルにおける幹細胞由来の移植片組成が特定されます。 ナット。一般。 11、2434(2020)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Pietilä, R. et al.成体マウス軟髄膜の分子解剖学。 ニューロン 111、3745–3764.e7 (2023)。

    論文 PubMed Google Scholar

  • ハウ、JRら。分離された皮質扁桃体回路による先天的嗅覚価の制御。でプレプリント バイオRxiv https://doi.org/10.1101/2024.06.26.600895 (2024)。

  • マー、CKら。 Bento: 空間トランスクリプトミクス データの細胞内分析のためのツールキット。 ゲノムバイオル。 25、82(2024)。

    論文 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Vizgen データ リリース V1.0 (ヴィズゲン、2021)。

  • Vizgen 後処理ツール (Vizgen、2025)。

  • ホールマウスパップ (FFPE) 5 個付きK Mouse Pan Tissue and Pathways パネルおよび Snap25a/Snap25b アドオン、Xenium Onboard Analysis 3.0.0 を使用して分析された In Situ 遺伝子発現データセット (10x ゲノミクス、2024)。

  • モフィット、JR 他。視床下部の視索前領域の分子的、空間的、機能的単一細胞プロファイリング。 科学 362、eaau5324 (2018)。

    記事 PubMed PubMed Central Google Scholar

  • モフィット、JR 他。データ: 視床下部の視索前領域の分子的、空間的、機能的単一細胞プロファイリング。 ドライアド https://doi.org/10.5061/dryad.8t8s248 (2018)。

  • Park, J. et al.補足データ: in situ トランスクリプトミクス データからの細胞型のセグメンテーションフリーの推論。 ゼノド https://doi.org/10.5281/zenodo.3478502 (2019)。

  • Tiesmeyer, S. & Müller-Bötticher, N. 「2D を再作成するデータ、それとも 2D ではないのか?」組織スライスの垂直信号の完全性を調査しています。 ゼノド https://doi.org/10.5281/zenodo.16736589 (2025)。

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