根っからのバージニア人であるワグナーはマリオンで生まれ、テイズウェル高校とフェラム大学で野球の才能を発揮し、そこで NCAA ディビジョン III の 9 イニングあたりの奪三振数のキャリア記録 (16.14) を樹立しました。この偉業は今でも残っています。 1993年のMLBドラフトでは、左腕投手は1巡目全体12位でヒューストン・アストロズに入団し、1995年9月にMLBデビューを果たした。
1997年までに、ワグナーはヒューストンのクローザーとしての地位を確立しつつあり、23セーブと7勝を記録し、MLBキャリアで初めて9回あたりの奪三振数14.00を上回った。 2 シーズン後、彼は 7 人のオールスター ゲームの名簿の最初のメンバーに選ばれ、1999 年ナショナル リーグ ロレイズ リリーフマン賞を受賞し、これまでで最低の防御率 (1.57) とこれまでで最高のセーブ数 (39) でその年を終えました。 、奪三振数（124）、投球イニング数（74.2）。
ワグナーは、2004年シーズン前にフィラデルフィアにトレードされるまで、2001年と2003年にアストロズの一員としてさらに2回オールスター名簿に名を連ねた。 2003年、彼はナショナルリーグで最も任されたクローザーとして44セーブ（キャリアハイ）、防御率1.78を記録し、終了試合数（67試合）でリーグトップに立った。
2005年から2010年にかけて、ワグナーのMLB最後の6シーズンは、フィラデルフィア（2005年）、ニューヨーク（2007年、2008年）、アトランタ（2010年）というナショナル・リーグ東地区の3クラブでの4度のオールスター選出によって際立った存在となった。 16年間のキャリア全体を考えると、10シーズンで25セーブ以上を記録し、47勝、防御率2.31、奪三振1,196を記録した。
2020年にヒューストン・アストロズの殿堂入りを果たしたワグナーは、全米野球殿堂入りを目前に控えている。 2024年クラスの投票では、10シーズン中9シーズン目で全米野球記者協会（BBWAA）から73.8パーセントの評価を得た。
#ビリーワグナーブラックスバーグVIPのベースボールナイトの目玉として復帰