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2025-06-06 03:36:00
Nibn Japan Microbiomeデータベースの発売により、科学者は、ライフスタイルと食事が私たちの微生物叢をどのように形成し、長期的な健康に影響を与えるかについて、前例のない窓を獲得します。
研究： Nibn Japan Microbiomeデータベース、ヒトの微生物叢と健康との相関関係を調査するためのデータベース。画像クレジット：ShutterStock
で公開された最近の研究で 科学レポート、研究者は、サンプルごとに最大1,000メタデータポイントで注釈を付けた多様で健康なヒトマイクロバイオームプロファイル（2,000を超えるマイクロビオームサンプルを含む）の広範な公的に利用可能なデータベースであるNibn Japan Microbiomeデータベース（NIBN JMD）を導入しました。
背景
増え続ける研究は、宿主の健康と病気の形成における人間の腸内微生物叢の重要性を強調しています。研究により、腸内ミクロビオームの特徴（腸内細菌叢の組成と相対密度）と肥満、感染、炎症、さらには癌などの臨床結果との間に強い双方向の関連性が確立されています。
次世代シーケンス技術（ゲノミクス、プロテオミクス、およびトランスクリプトミクスを含む）の大幅な進歩により、科学者は前例のない量のマイクロビオームデータを提供しましたが、既存のデータセットは不十分なメタデータと文脈的注釈の一般的なデメリットに苦しんでいます。さらに、従来のデータベースは、複数の研究からデータを集約することで計算された要約統計を提供しますが、研究間の方法論の違いを説明できません。
これらのデメリットは、ミクロビオーム健康相互作用の一般化可能な大規模な調査を厳しく妨害し、それにより、幅広い食事、ライフスタイル、病気に対する介入の発見と展開を防ぎます。これにより、多様なシーケンスデータと徹底的なメタデータアノテーションの両方を含む標準化されたヒトマイクロビオームデータベースの開発が必要であり、腸内疾患の緩和とグローバルな幸福の促進における腸内マイクロバイオームの最大限の可能性を活用します。
ニブンJMDとは何ですか？
国立生物医学革新、健康、栄養研究所（NIBN、以前のNIBIOHN）は、国立生物医学革新研究所（NIBIO）と国立衛生栄養研究所（NIHN）の間の日本の共同研究努力です。 2005年に設立されたこの組織は、日本の人口の生物医学的革新、栄養、および医薬品の生成物を促進することを目指しています。
NIBNは、現在のヒト微生物叢データベースのギャップを認識し、独自の広範な研究ネットワークと複数の共同協力者の両方から糞便サンプルと広範なメタデータを照合して、存在する最大のヒト微生物叢データセットの1つを生成することにより、これに対処しました。 「Nibn Japan Microbiome Database（Nibn JMD）」と名付けられたこの新しいデータベースは、いくつかの制限で公開されているため、前例のないメタデータ注釈と自己圧倒的なデザインを通じて、ヒト腸内微生物叢の真の臨床的可能性を解き放つことを目指しています。
現在、データベースは2,068人の被験者からの2,273のマイクロビオームサンプルで構成されており、それぞれが最大1,000メタデータポイントにリンクされており、参加者の人口統計、食事、ライフスタイル、身体活動レベル、および病歴を網羅しています。すべてのサンプルには基本的なメタデータがありますが、詳細レベルは特定のコホートに依存します。データベースには、コラボレーター由来の縦方向のサンプルも含まれており、時間的マイクロバイオームのダイナミクスの分析を可能にします。特に、すべてのデータ処理は、多様なサンプル全体で一貫性と信頼性を維持するために標準化されたプロトコルに準拠しています。
Nibn JMDはどのように開発されましたか、そしてその重要な機能は何ですか？
研究者は、「SNAQ」と呼ばれるQIIME2のスネークメイクパイプラインを使用して16S RRNAシーケンスデータを処理しましたが、ショットガンメタゲノミックデータには個別の社内パイプラインが採用されました。後者のパイプラインには、NCBIに準拠した分類学的割り当て（Kraken 2、Bracken、およびMetaphlan）、機能プロファイリング（FMAP）、およびメタデータアノテーションの自動化に関する規定が含まれます。ペーパーでは、ショットガンシーケンスが実行されている間、完全な分析結果は将来のバージョンのデータベースで利用可能になると指摘しています。
NIBN JMDは、Mantaプラットフォームのカスタム実装に基づいて構築され、研究者に、マイクロバイオームヘルス関連を視覚化し、データ内の相関を調査できるさまざまな組み込み多因子分析ツールを提供しました。また、研究者は、新しいサンプルおよび将来のサンプルからのデータのインポートと処理を自動化するための社内スクリプトを開発しました。
最も重要なことは、NIBN JMDは、ユーザーフレンドリーなアクセスに焦点を当てており、ほとんどの金標準分析ツールと統合できるリッチでよく構成されたデータセットを表しています。その公開インターフェイスは、オープンサイエンスをサポートし、将来の共同ミクロビオーム研究に革命をもたらすことを望んでいます。基本的なデータは公然と利用可能ですが、より広範なメタデータへのアクセスには、共同契約と機関審査委員会（IRB）の承認が必要であり、データの倫理的処理を確保します。
結論
NIBN JMDは、マイクロバイオーム研究インフラストラクチャの大幅な進歩を表しており、科学者に豊かに注釈付きで公開可能なリソースを提供します。一貫性とインタラクティブな分析ツールで、他のグローバルリソースを補完します。このデータベースは、マイクロバイオーム科学の発見を加速し、パーソナライズされた健康戦略に情報を提供し、マイクロビオームを活用する介入の開発を促進する可能性があります。
腸内微生物叢と、食事パターン（大麦やビタミンB1摂取を含む）、腸の習慣、肥満や2型糖尿病などの代謝条件などの要因との関連を確立した研究ですでに適用されています。日本の参加者のみに対する現在の制限は、グローバルな一般化可能性を制限しますが、明日の健康に向けた最初のステップを提示します。
ジャーナルリファレンス：
- チェン、YA。、川島、H。、パーク、J。 Nibn Japan Microbiomeデータベース、ヒトの微生物叢と健康との相関関係を調査するためのデータベース。 Sci Rep 15、19640（2025）、doi-10.1038/s41598-025-04339-z、
#新しい日本のデータベースは腸の微生物と食事がどのようにつながるかを明らかにします