2024年10月2日—ハーバード大学THチャン公衆衛生大学院の研究者らが主導した新たな研究によると、感染症の新たな変異種の検出を迅速化するために、公衆衛生当局は検査と配列決定の率を高める必要があるという。
この研究は、PLOS Computational Biology誌に9月5日に掲載された。免疫学および感染症の教授であるヨナタン・グラッド氏が責任著者でした。免疫学・感染症学科の博士研究員であるカースティン・オリベイラ・ロスターが筆頭著者です。
感染症の新株を特定し、より伝染性の高い株や毒性の強い株から国民を守るために、公衆衛生機関は集団を検査し、それらの検査を使用してゲノム配列決定、つまり病原体の遺伝子構造を決定するプロセスを実施することに依存しています。しかし、検査と配列決定の量、発生のタイミング、新しい変異種の伝染性などのさまざまな要因が、新しい変異種の検出速度にどのような影響を与えるかは不明です。
変異株検出のベストプラクティスに基づく証拠を拡大するために、研究者らは、監視戦略、発生場所、変異株の伝播性が、新しい変異株の検出にかかる時間にどのような影響を与えるかをテストするモデルを作成した。彼らは、ニューヨーク市における2020年12月から2021年11月までの新型コロナウイルス感染症（COVID-19）データをモデルに組み込んで、さまざまな要因の組み合わせに応じて新しいSARS-CoV-2変異種がどれくらい早く検出されるかを評価した。 (研究者らは、このモデルは他の場所や呼吸器感染症にも適用できると指摘しました。)
この研究では、配列決定されたサンプルの数を増やすと、より高い検査率が必要となり、新しい変異体の検出が迅速化されることがわかりました。具体的には、配列決定の割合を 1 パーセントポイント上げると、検出時間が 44 日短縮され、感染者数が 100,000 人あたり 502 件減少しました。感染力も大きな影響を及ぼしました。変異株の感染力が 0.1 パーセント上昇すると、検出時間が 60 日間短縮されましたが、10 万人あたり 133 人の感染が追加されました。
「私たちのシミュレーションでは、配列決定のためにサンプリングされる陽性症例の数を増やすことで、検出速度の最大の改善が達成されました」と研究者らは書いている。 「しかし、政策立案者が制御できない要因も、新しい変異種の検出にかかる時間に影響を及ぼしました。つまり、理想的な公衆衛生戦略の下でも、幅広い検出結果が可能であったということです。」これらの発見は、将来の感染拡大に対する意思決定の指針となります。」
写真: iStock/RyanKing999
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