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新しいコンピューター言語は、隠された汚染物質を見つけるのに役立ちます

質量分析データは化学指紋のようなもので、科学者は、空気、水、血液などのサンプルに含まれる分子と、どのくらいの量であるかを示しています。水中の汚染物質から新しい薬の化学物質まで、すべてを識別するのに役立ちます。 「私たちは、一般的にコンピューター科学者ではない化学者や生物学者に、数ヶ月または何年ものコードを学ぶことなく、彼らのデータを正確に採掘する能力を提供したかったのです」 この言語の有効性を実証して、現在UCサンディエゴのUCRポストドクタルの学生であるニーナZhaoは、MASSQLを使用して、一般に公開されている水サンプルに関する世界の質量分析データをふるいにかけました。彼女は一般に炎の遅延剤に見られる有機リン酸エステルを探していました。 「このデータには、文字通り、分子の10億の測定値がかなりあります。手動でそれを通過することはできません」とWang氏は言います。 「しかし、言語はこれらの化学物質のために、ある意味でフィルターのように機能し、何千もの化学物質を引き出しました。」 「これらの化学物質は、人間と動物の健康、および生態系全体に多くの問題を引き起こす可能性があります。それらは炎遅延剤または可塑剤として設計されていましたが、内分泌および性的システムの破壊、および心血管の問題を引き起こす可能性があります」とZhao氏は言いました。 私たちの環境から有毒化学物質を処理または除去するための計画を立てることができる前に、科学者は何が存在するかを知る必要があります。それは、Zhaoのような科学者にとってMASSQLが役立つ場所です。 「この言語は、空気、土壌、水、さらには人体でさえ、これまでに検出されたすべてのものを追跡することができます。存在するものは何でも、そこに化学物質を探すことができます」と彼女は言いました。 MASSQLの作成における課題の1つは、ソフトウェアが使用する用語の定義に同意するライフサイエンティストのコンセンサスを得ることでした。 「化学者とコンピューターの科学者の両方がそれを理解する必要があり、ソフトウェアはそれを操作できる必要があります」とWang氏は言いました。 このため、開発段階で約70人の科学者が相談しました。彼らは皆、最も重要な情報用語とそれをMassQL言語で表現する方法についてフィードバックを与えました。 また、研究チームは、この言語がさまざまな現実の状況で役立つ可能性があることを実証したかったのです。 Zhaoのプロジェクトに加えて、この論文では、MassQLを適用できる30を超えるアプリケーションを詳しく説明しています。 サンプル使用症例には、アルコール中毒のマーカーとして脂肪酸の検出、迫り来る抗生物質耐性の危機を解決するための新薬を探し、細菌が互いに通信するために使用する化学物質について学び、遊び場で永遠に化学物質を見つけます。 過去には、Wangは、これらのさまざまな種類のすべてのアプリケーションに固有のデータパターンを探すことができるソフトウェアのリクエストを受け取りました。 「時間を節約するために何かできると思った」と彼は言った。 「複数の種類のクエリを処理できる1つの言語を作成したかったのです。そして今、私たちは持っています。これからもたらす可能性のある発見について聞いて興奮しています。」 #新しいコンピューター言語は隠された汚染物質を見つけるのに役立ちます