図 4. ブタ DPEP1 と複合体を形成した PHEV RBD の結晶構造。
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図 4. ブタ DPEP1 と複合体を形成した PHEV RBD の結晶構造。
ある、単離された RBD-pDPEP1 複合体の構造。タンパク質の N 末端と C 末端は、それぞれ丸で囲まれた「N」と「C」の文字で示されています。グリカンは緑色の棒で表され、グリカンが結合しているアスパラギン残基が示されています。 DPEP1 活性部位には 2 つの亜鉛イオン (灰色の球) が含まれており、細胞膜に対するタンパク質の配向が示されています。 DPEP1が挿入された細胞膜の位置が示されており、RBDが反対側の面を認識していることがわかります。 bRBD-pDPEP1 インターフェースの拡大図。 RBDチップはj1とj2の2つの爪を持つ開口形状を採用しています。相互作用に関与する二次構造要素が強調表示されます。 N57 に結合したグリカンは緑色の棒で表されます。 c、表面静電ポテンシャルを示す PHEV RBD および pDPEP1 の開いたブック表示。太い黒い線は、界面に含まれる残基を区切ります。スター およびハッシュ (#) 記号は、接触している相補的な電荷を持つ領域を示します。d 、RBD-pDPEP1 界面における詳細な原子相互作用。関連する残基の側鎖は棒で示され、主鎖原子は細線で示されています。点線は、水素結合または塩橋を表すために使用されます。一部の二次構造要素には、j1 および j2 と同様にラベルが付けられます。関連する界面残基は赤枠のラベルで示されます。e 、PHEV RBD 構造と OC43 (左、黄色、lPDB: 8TZU)、MHV (中央、緑色、PDB: 6VSJ)、および HKU1 (右、ピンク、PDB: 5KWB) の構造と重ね合わせます。 RBD サブドメインは PHEV 構造で示されており、コアは濃青色 (PHEV RBDCORE)、挿入部分は水色 (PHEV RBDINS) で示されています。関連する二次構造要素にはラベルが付けられています。アスタリスク二次構造は異なりますが、HKU1 との対応を示すために使用されます。各アライメントの下には、アルファ炭素間の二乗平均平方根偏差 (CA-RMSD) とZ-Daliサーバーで実行されたペアワイズアライメントのスコア( Z> 20 は、タンパク質が構造的相同体であることを示します)。一番右の挿入図は、PHEV (水色) と HKU1 (ピンク) の RBD チップ (破線のボックス) を拡大したものです。pDPEP1 と TMPRSS2 で形成された界面に埋もれた RBD 残基がそれぞれ赤とマゼンタで示され、関連する二次構造要素がラベル付けされています。
#ジペプチダーゼ #はブタコロナウイルスの機能的受容体です