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2024-04-10 16:23:00
疾患の遺伝学的研究は、疾患を引き起こすゲノムのセグメントをマッピングします。 しかし、これらの変化が疾患の進行にどのように寄与するかを理解するには、疾患を引き起こしていると考えられる細胞集団内の疾患遺伝子の遺伝子制御を変化させる可能性があることを理解することが重要です。 「エンハンサー遺伝子マップ」はゲノム調節領域を遺伝子に結び付けており、疾患を理解するために不可欠です。 しかし、現在の実験方法には限界があるため、それらの構築には課題があり、希少細胞集団や特定の細胞型のみを制御する遺伝子にこの技術を適用することが困難になっています。
マサチューセッツ・ジェネラル・ブリガム医療システムの創設メンバーであるブリガム・アンド・ウィメンズ病院の研究者らは、SCENT（単一細胞エンハンサー標的遺伝子マッピング）と呼ばれる統計的手法を開発しました。 この方法では、多峰性の単一細胞データを使用して制御要素と遺伝子の間の関連性を確立し、一般的な疾患と稀な疾患の両方の原因と考えられる遺伝子座を正確に特定することができます。 これらの洞察は、さまざまな症状の治療法の開発に役立つ可能性があります。
研究チームは、特定の各細胞タイプにおける DNA 調節の複雑さを理解することを目的として、免疫細胞、神経細胞、下垂体細胞を含むさまざまなヒト組織を表す 9 つのマルチモーダルな単一細胞データセットに SCENT を適用しました。 これらのデータを使用して、彼らは 23 の異なる遺伝子エンハンサー マップを作成し、1,143 の疾患と形質に関連する遺伝的変異と発現パターンを調査しました。 特に、免疫疾患に関しては、免疫細胞だけでなく、影響を受けた組織自体内の細胞からも重要な洞察が得られることを発見しました。
ほとんどの自己免疫疾患については、免疫細胞の全体的な地図が必要であると人々は考えています。 しかし、免疫細胞のエンハンサー遺伝子マップは、罹患した疾患組織では異なることがわかりました。 私たちは、このようなマップを使用して、関節リウマチやその他の自己免疫疾患の遺伝データを解釈する方法を実証します。」
ブリガムズリウマチ科、免疫学、炎症科の Soumya Raychaudhuri 医師、博士
ソース：
参考雑誌:
坂上 S. 他。 （2024年）。 多峰性単一細胞データからの組織特異的エンハンサー遺伝子マップにより、原因となる疾患対立遺伝子が特定されます。 自然遺伝学。 doi.org/10.1038/s41588-024-01682-1。
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