CUIMC の研究者は、計算生物学・生物情報学センター (C2B2) のハイパフォーマンス コンピューティング クラスターの最近のアップグレードにより、生物医学研究専用の学術界で最も高速かつ強力なコンピューター クラスターの 1 つにアクセスできるようになりました。
このアップグレードにより、クラスターのすべての古いプロセッサが、ジョブに応じて 10 ～ 100 倍高速に動作する新しい CPU と GPU に置き換えられ、メモリが増加しデータ転送速度が向上したストレージ ユニットが追加されました。各ノードの計算能力が向上したにもかかわらず、センターのほとんどのコンピューティング サービスのコストは減少しました。
詳細情報
高性能コンピューター クラスターの詳細については、次のサイトをご覧ください。 https://columbiauniversity.atlassian.net/wiki/spaces/RCAC/overview そしてアーカイブを見てください オープンハウス。
このクラスターを運営するシステム生物学科および C2B2 の IT ディレクターである Vinod Gupta 氏は、この秋にオンライン オープンハウスを主催し、医療センター キャンパス全体の研究者に新しいクラスターを紹介しました。
「生物医学データの分析がより複雑になり、人工知能が活用されるにつれて、デスクトップ コンピューティングで達成できることには限界があります」とグプタ氏は言います。デスクトップ コンピューターの処理に数週間かかる場合でも、センターの高性能プロセッサーを使用すると、わずか数分で処理できます。 「アップグレード以来、リソースの使用に対する関心が高まり、キャンパス内の新規ユーザーの数が急速に増加しています」と Gupta 氏は言います。
2003 年の創設以来、ハイ パフォーマンス コンピュータ クラスタは、数百万 CPU 時間の処理で CUIMC の 100 以上の研究室の作業をサポートしてきました。同センターのコンピューターは、がんがどのように進行するかを研究し、ウイルスと人間の宿主との相互作用を予測し、自閉症や統合失調症などの一般的な精神疾患に関与する脳回路を明らかにする研究者を支援してきました。
「アップグレードにより、このリソースは私たちを研究の新時代に導いてくれるはずです」とグプタ氏は語った。
現場でのメリット
強化されたコンピューティング能力に加えて、センターのエンジニアは、貴重なアドバイスと支援を CUIMC 研究者に 24 時間提供します。これらのサービスは通常、商用コンピューティング センターでは利用できません。
CUIMC の研究 IT およびコンピューティング担当ディレクター、Michael Faucher 氏は次のように述べています。「人々はクラウドに移行できますが、それには非常に費用がかかり、IT の経験が豊富でない研究者にとっては管理に非常に時間がかかる可能性があります。」クラウド サービスを使用している研究者は、たとえば、ジョブの開始、処理、完了に伴うニーズを注意深く監視していないと、高価なストレージに簡単に過剰な費用を支払う可能性があります。
「経験豊富なエンジニアは、コストを抑える方法や、特定の作業に必要なコンピュータの能力を知っています」とフォーチャー氏は付け加えます。 「ヴィノードと彼のチームは、研究者が必要としているテクノロジーと分析プログラムに精通しています。彼らは、コストを最小限に抑えながら研究を完了するように研究者にアドバイスする方法を知っています。」
さらに計画的なアップグレード
今後数か月間、施設の追加のアップグレードが計画されています。クラスターを収容する部屋は間もなく機器をさらに保護するために強化される予定で、その一方でセンターのエンジニアは臨床データを分析する研究者にアクセスを提供するための HIPAA 認証の確保に取り組んでいます。
このセンターには収容能力を 2 倍にするスペースがあり、需要の増大に対応するためにすぐに収容能力を追加する可能性があります。
ネットワーキングは、CUIMC 内外の研究室で生成された大量のデータを共有する必要がある研究者間の重要なコネクタです。 「研究データ用にネットワークを分割する方法についても話し合いました」と Vinod 氏は言います。 「インターネット経由でデータを転送する代わりに、キャンパス内にユーザーとセンターの間に専用の高速アウトバーンを設置することに取り組んでいます。」その接続は来年利用可能になるかもしれない。
CUIMCの情報技術責任者であるジム・ボシオ氏は、他のアップグレードも今後計画されており、コンピュータセンターはリソースを維持するために研究局によって一元的にサポートされるだろうと述べた。
「このデータセンターは大学全体の資産であり、多くの科学的進歩によって報われると思います」と Bossio 氏は言います。
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