コロナウイルス病 2019 (COVID-19) の原因物質である重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 (SARS-CoV-2) は、ゲノム変異を通じて進化し続けています。 新興の SARS-CoV-2 バリアントは、感染性、病原性、および自然感染とワクチン接種の両方によって誘導される免疫応答を回避する能力に基づいて、関心のあるバリアント (VOI) および懸念されるバリアント (VOC) に分類されています。
勉強： SARS-CoV-2 BW.1、メキシコ南東部で急成長しているオミクロンの亜種で、関連するエスケープ変異を持っています. 画像クレジット: Ebrahim Lotfi / Shutterstock.com
バックグラウンド
現在、SARS-CoV-2 Omicron バリアントは、世界のほとんどの国で優勢に広まっています。 Omicronバリアントの絶え間ないゲノム変異により、いくつかのサブバリアントが出現したため、定期的なゲノム監視の重要性が強調されています。
に発表された新しい研究 研究広場 preprint server* は、BA.5.6.2 系統の子孫である Omicron のサブバリアントである BW.1 (BA.5.6.2.1) 株の免疫逃避を助ける変異の存在を報告しています。
SARS-CoV-2 BW.1 には、BQ.1 バリアントに類似した変異が含まれており、免疫逃避を助けます。 BQ.1 は最も急速に伝播する系統の 1 つであり、S:K444T、S:L452R、S:N460K、S:F486V などのいくつかの変異が含まれています。
現在の研究では、著者らは、BW.1 が 7 月初旬にメキシコで出現した可能性があると考えています。 10 月までに、BW.1 はユカタン半島で優勢に循環する菌株でした。
メキシコは、SARS-CoV-2 ゲノムを広範囲に配列決定した重要なラテンアメリカの国です。 以前の研究では、ユカタン半島は観光客の流入と商業活動の割合が非常に高いため、メキシコのSARS-CoV-2バリアントの主要な侵入経路の1つであることが報告されています。
研究について
BQ.1、BA.5.6.2、および BW.1 のゲノム配列と関連するメタデータは、GISAID から入手しました。 2022 年 11 月 7 日に系統情報ベースの PANGO v.4.1.3 を含むすべての関連ゲノム配列が収集されました。
BW.1 とその親バリアント BA.5.6.2 のゲノム アラインメントと系統再構成解析は、Nextstrain のデフォルト パイプラインで複数配列アラインメント (MSA) を使用して実施されました。 ゲノム アラインメントは BW.1 の突然変異の検出に役立ち、系統発生学的再構成はその起源までさかのぼる追跡を可能にしました。
主な調査結果
メキシコは現在、BA.2/BA.5 による波の後に COVID-19 の発生率が低い段階にありますが、過去数週間にわたってユカタン島から収集されたサンプルのゲノム分析では、BW.1 バリアントの大きな有病率が示されました。
興味深いことに、研究者たちは、10 月にユカタン半島で COVID-19 の症例が急増したことを観察しました。この期間中、BW.1 バリアントは、その親バリアントを含め、この地域に存在する他の SARS-CoV-2 バリアントを打ち負かしました。
ゲノム分析は、BW.1 が第 5 の疫学的波の間にメキシコで発生し、その期間中にユカタン州で循環していると報告された BA.5.6.2 株に由来する可能性があることを強く示しました。 興味深いことに、GISAID データベースから収集された合計 105 の BW.1 ゲノム配列のうち、95 がメキシコで収集されました。
BW.1 の 2 つの同義置換は、BA.5.6.2 ゲノムのメキシコ配列に遡ります。 メキシコの BA.5.6.2 を世界の他の地域で見つかった Omicron 株と区別する 2 つの変異のみが検出されました。 世界中の 2,458 配列に存在し、すべての BA.5.6.2 配列の 82.48% に存在するヌクレオチド遷移、T7666C は、BW.1 を含むメキシコの BA.5.6.2 ゲノムには存在しませんでした。
メキシコのゲノム配列の分析により、BA.5.6.2 および BW.1 配列が同義置換 C14599T を共有していることが明らかになりました。これは、世界中の BA.5.6.2 配列の 4% のみに存在していました。
BW.1 のゲノム配列の大部分は、2 点突然変異によって親の BA.5.6.2 とは異なっていました。 ヌクレオチド遷移 G2144A およびトランスバージョン T22942G の存在は、それぞれ BW.1 ゲノムの 98.09% および 92.38% で観察されました。 特に、親の BA.5.6.2 グループには T22942G 変異が含まれていませんでした。これは、8 月初旬にメキシコで配列決定された BW.1 株で最初に検出されました。
BW.1 バリアントはオミクロン系統 BA.5.6 の子孫ですが、そのゲノムは BQ.x バリアントと共通の進化の歴史を共有しています。 これは、BW.1 と BQ.x の両方が BA.5 系統から派生したためです。
これらのサブバリアントは両方とも、S:L452R を含む 54 を超える変異を受け継いでおり、感染性の増加、スパイクの安定性の付与、およびウイルスの融合性促進に関連しています。 また、複数のモノクローナル抗体の有効性の低下に関連する S:F486V 変異も含まれています。
BQ.1 と BW.1 の両方のバリアントには、S:K444T や S:N460K などの重要な追加の BD 変異が含まれており、これらはベブテロビマブに対するウイルス耐性を高め、抗体認識を妨げ、それによって免疫逃避を可能にします。 S:N460K 変異の存在は、融合性と中和に対する耐性を高めます。
結論
現在の研究の著者は、世界の人口に悪影響を与えるSARS-CoV-2株の特定に光を当てる可能性のあるゲノム監視と突然変異の追跡の重要性を強調しました。 BW.1株が世界中でCOVID-19の症例を増加させる可能性が高い.
*重要なお知らせ
Research Square は、査読されていない暫定的な科学レポートを発行しているため、決定的なものと見なしたり、臨床診療/健康関連の行動を導いたり、確立された情報として扱ったりするべきではありません。
