2024年には、合計27の文化が確認されました N. goNorrhoeae 通常、滅菌部位からの感染症はMDHに報告されました。これは、2020年に監視が開始されてから報告されていない平均年間の症例数でほぼ4倍の増加です。これらの症例のさらなる調査が州の報告規則の対象となる公衆衛生監視として実施されたため、施設内審査委員会の承認は必要ありませんでした。 Biotyper Matrix Assistedレーザー脱着/イオン化時間の質量分析を使用して、20のDGI症例（複数の分離株を収集したn = 2症例）から23種の分離株を確認しました（Bruker、Ionization https://www.bruker.com）内部で検証された研究では、データベースのみを使用します。イルミナDNA準備キットを使用して、これらの分離株からWGSライブラリを準備しました（Illumina、 https://www.illumina.com）およびReagent Kit V2（500サイクル）を備えたIllumina MiseqプラットフォームのシーケンスされたゲノムまたはP1試薬（300サイクル）を備えたIllumina NextSeq 2000プラットフォーム。 Spriggan v1.3.0を使用して、ゲノムを組み立て、系統発生的に比較しました（3）およびdryad v3.0.0（4）細菌のバイオインフォマティクスパイプライン（付録）。シーケンスタイプ（ST）によって組み立てられたゲノムを分類し、Gonococcal Genetic Islandシーケンスを解決するために、PUBMLSTデータベースに対して組み立てられたゲノムを照会しました（5、6）。その後、実行しました N. goNorrhoeae NG-STAR V2.0データベースを使用して識別された抗菌抵抗性（NG-STAR）による多焦点シーケンスタイピング（MLST） ポルブ 対立遺伝子タイプ（付録表1）（7）。
図1
図1。 Neisseria gonorrhoeae2024年ミネソタ州の播種性gon菌感染症例からのゲノム。DryadV3.0パイプラインを使用してこの木を構築しました…
図2
図2。ペアワイズ単一ヌクレオチド多型（SNP）マトリックス Neisseria gonorrhoeaeシーケンスタイプ（ST）11184播種性gon菌感染症例からのゲノム、ミネソタ州、米国。 Morpheusを使用してマトリックスをクラスター化して視覚化しました…
利用可能なWGSデータを持つ20のDGI症例のうち、14（70.0％）分離株をST1184とNG-STARプロファイル394の両方に分類しました。そのタイプの17のゲノムを配列決定しました。 1つのゲノムは、文書化されたMLSTプロファイルまたはNG-STARプロファイルと同一に一致しませんでした N. goNorrhoeae。 ST11184ゲノムは、ドライアドパイプラインの参照ベースのアプローチによる0〜207ペアワイズ単一ヌクレオチド多型（SNP）の遺伝的類似性の範囲でした（図2）（図2）（図2）（4）。 Bakta V1.9.4、Panaroo V1.5.0、およびSNP-Dists v0.8.2を参照フリーでコアゲノムアライメントベースのアプローチで使用して、その分析を繰り返して、4〜168ペアのSNPの範囲が得られました（付録図1）（付録図1）（付録）8–12）。
図3
図3。 Neisseria gonorrhoeaeシーケンスタイプ（ST）11184播種性gon菌感染症例に感染したゲノム、ミネソタ州ミネソタ州。緑色のバーは、90％のシスを示しています…
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#早期放出 #普及したgon菌感染症のゲノム調査米国ミネソタ州2024第31巻2025年10月 #新興感染症ジャーナル
2025-09-17 15:53:00