生息地と期間を研究します
小さな哺乳類の捕獲と気候データ収集は、2024年4月4日から12日にかけてアンカゾベ地区で実施されました。これは、季節のペストの発生の焦点として認識されています（S 18°10 ‘; E 47°46’;平均標高1,200 m）（図1A）。 2種類の生息地が選択されました（1,527 m-1,600 mの範囲の標高）：部分的に劣化したモンタネ雨林で構成されるアンボヒタンテント特別保護区の森林生息地と、ファラザナ村の田舎の生息地で構成される [9, 18, 19] （図1b）。原稿全体を通して、「生息地」という用語は、大規模な農村または森林の生息地を指定するために使用され、「マイクロハビタット」という用語は、家の中、家の外、森の中の小規模な地元の微生物を表すために使用されます。
図1
マダガスカルとアンカゾベ地区の研究サイトの地図。黒い破線は、マダガスカルのペスト風土病の高地地域とアンカゾベ地区の場所を示しています（a）研究サイトと気象観測所の場所を示す地区の地図を拡張した地区（b））
小さな哺乳類とノミのサンプリング
陸生の小哺乳類は、ワイヤーメッシュのライブトラップ（BesançonTechnical Service（BTS）、フランス、Besançon;長さ30 cm×幅×10 cmの高さ10 cm）およびシャーマン（SH）トラップ（HBシャーマントラップ、タラハス、フロリダ州タラハシー）を使用して捕獲されました。サンプリングのために2つの異なる生息地（農村部と森林）が選択されました。各生息地では、80のトラップ（60 btsと20 sh）が設定され、3泊のキャプチャのために所定の位置に残されました（図2a）。タマネギと乾燥した魚で餌にされたトラップは次のようにレイアウトされました。田舎の生息地では、1つのBTSトラップと1つのSHトラップが20のランダムに選択された家のそれぞれの内側に配置され、40のBTSトラップが家の外にあるトランセクトラインに設定され、約10 mの間隔がありました。森林に覆われた生息地では、3つのBTSトラップと1つのSHトラップがトランセクトラインに沿ってセットアップされ、トラップの間に10 mの間隔が刻まれたため、最大800 mのトランセクト長が合計されました（図2a）。トラップは毎日2回、午前中と午後にチェックされ、捕獲された動物を除去した後、動物を含む動物を含む動物を再洗浄しました。現場では、利用可能なガイドラインに基づいて種の識別について、各標本の身体測定と形態分析を評価しました [22]。すべての閉じ込められた風土病の小さな哺乳類標本は、将来の研究のためにアーティーブされていました。ノミは、深さ30 cmの盆地内で動物の毛皮をブラッシングすることによって収集されました。逃げたノミは、自家製のノミの真空を使用して収集されました [23]これは、小さなチューブを通してノミを吸い上げ、20 cmのガラスチューブに直接収集することで機能します。ノミは95％エタノールで保存され、低倍率の双眼顕微鏡と形態学的鍵を使用して、実験室の種レベルで同定されました [7, 24]。
図2
小さな哺乳類の捕獲と気候データの収集に使用される方法論と場所。 （a）異なる微小居住地で小哺乳類を捕獲するための方法論。 （b）内外の巣穴、内外の家、森林など、さまざまな微小生息地のELの位置
の検出 Yersinia Pestis ノミで
の検出 Y.ペスティス ノミは、捕獲されたすべての小さな哺乳類から収集されたすべての個々のノミをテストすることにより行われました。ノミは、2つの3 mmタングステンビーズ（ドイツ、Qiagen）を含む組織ライザーII（ドイツ、ドイツ、ドイツ）に粉砕され、製造業者のプロトコルに続いてDNeasy血液および組織キット（Qiagen、ドイツ）を使用してDNAを抽出しました。 DNA抽出物は、定量的PCR（QPCR）によって分析されました。 Y.ペスティス プラスミノーゲン活性化因子（プラ）遺伝子（上にあります Y.ペスティス– 特異的PPST/PCP1プラスミド）およびcapsular抗原F1（CAF1）遺伝子（PFRAプラスミドに位置する） [1, 25, 26]。
気候データ
微気候データ（温度と相対湿度）は、選択された場所に設置された「Easy Logger」（Easy Logger」（EL）MicroClime検出デバイス（Lascar Electronics、英国）を使用して収集されました（図2B）。活性げっ歯類の巣穴は、糞の存在によって決定され、選択されたELが24時間にわたって30分ごとに温度と湿度を測定するために活性化され、げっ歯類の巣穴の中に20 cmを配置しました。田舎の生息地では、8つのエルがげっ歯類の巣穴の内側と、トラップに使用される20の家から選ばれたランダムに選択された4つの家の外に置かれました（2つのロガー） あたり 家）（図2b）。さらに、家の外のトランセクトラインに沿ってげっ歯類の巣穴を内側と外側（1メートルの高さ）の内側と外側（1メートルの高さ）に配置し、小さな哺乳類のトラップトランセクターに沿って4つのげっ歯類の巣穴を表す合計4つのGPSポイント（2つのロガー） あたり GPSポイント）（図2B）。森林に覆われた生息地では、8つのELがトランセクトラインに沿って4つのポイントに配置されました（2つのロガーが あたり GPSポイント）（図2B）。セットアップは森林と田舎の生息地の家の外で同じであり、1つはげっ歯類の巣穴に、もう1つはげっ歯類の巣穴の位置近くの1メートルの高さに設置されていました。
マクロクライアムを測定するために、ATMOS 41気象観測所（Meter Group、Inc。、Pullman、WA、USA）をアンカゾベ地区病院センターに設置し、気候変動（標高1,269 m）を監視しました。ステーションは、温度や相対湿度を含む気候変動を記録しました。測定は、24時間にわたって30分ごとに行われ、研究の生息地で小さな哺乳類が収集された日に対応しました。
微気候測定は、4月6日の午前8時30分から2024年4月7日の午前8時30分から、森林飼育（森林）で、4月9日午前8時30分から2024年4月10日、田舎の生息地（内外の家）で同時に収集されました。これらのデータは、田舎の生息地（「農村サンプリング日付」）および森林縁の生息地（「森林サンプリング日付」）における小さな哺乳類の捕獲と微気候モニタリングの対応するサンプリング日を越えて、アンカゾベの気象観測所からの大型気候測定データと比較されました（図4A）。
図4
気象局によって記録された大型測定とともに、さまざまな微小生息地（家の内側/外側の家と森の内側/外側の家と森林）の巣穴の内側と外側の温度（t°）と湿度（h）の変動の図。 （a）温度の変動を示すマクロクライマティックデータ（私）と湿度（ii）2つの測定日の間。 （b）微気候データ：森林の温度と湿度の変動（私; ii）、家の外（iii; IV）そして家の中（v; vi））
統計分析
統計分析は、3泊のトラップ期間にわたって収集された小さな哺乳類に基づいて実施され、農村部と森林の両方の生息地に同じ数のトラップが配置されました。小さな哺乳類を正常にキャプチャした各トラップは、キャプチャの各夜のサンプリングポイントを表しています。気候変動分析では、各場所に同数のデータ収集ポイントが使用されました。
ノミの豊富さと種の多様性を評価するために、家の中、農村の生息地の家の外の微小住民、森林に覆われた生息地での微小住民からの閉じ込めからデータが収集されました。ノミの存在量の指標は、感染率とノミ指数によって表されました（補足表1）。侵入率は、捕獲された小哺乳類の総数に対するノミに侵入した小哺乳類の比率として計算されました。ノミ指数は、捕獲された小さな哺乳類の総数から収集されたノミの総数として計算されました [27]。一方、種の多様性は、収集された種の総数によって定量化されました。
ノミの存在量と種の多様性に対する微小生息地と宿主の多様性の影響を調べるために、Rパッケージに実装された一般化された線形混合効果モデル（GLMM）を採用しました。LME4」 [28]。モデルは、微生物および宿主種の固定効果を組み込んだ（R.ラッタス またはその他）、およびトラップラインのランダムなインターセプト。トラップポイント全体の変動を説明します。捕獲されたげっ歯類の10％のみが種以外の種であったため R.ラッタスこれらは単一のカテゴリにグループ化されました。 3つの異なるモデルが適用され、ノミの豊富さ、特に侵入率、ノミ指数、および種の多様性に対する微小生息地と宿主種の影響を分析しました。
さまざまなロケーションタイプ（内外の巣穴）と微小生息地（内/外側の家や森林）にわたる気候変動を分析するために、「一般化された線形混合モデル（GLMM）も「」を「」と使用しました。LME4” パッケージ [28]。モデルは、マイクロマビタットに固定効果を組み込み、GPSポイントのランダムな傍受が変動を説明しました。このモデルは、特定のマイクロハビタット（家の内側/外側/外側の家と森の内側/外側）のEL（巣穴の内側または外側）の位置のタイプの関数として、温度と湿度（微気候）の分布を比較しました。さらに、EL（巣穴の内側または外側）の2種類の位置を考慮して、微小居住地間の温度や湿度などの微気候の全体的な違いをマクロクライトに評価し、観察された変動が統計的に有意であるかどうかを判断するために、統計的に有意であるかどうかを判断するために、 p 29で設定されたしきい値]。これらの方法により、ノミの個体群に対する気候因子の影響を調査するために、研究部位間の変動を考慮することが可能になりました。
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2025-04-14 07:55:00