CDC、FDA、およびUSDAによる研究では、全ゲノムシーケンス（WGS）と機械学習を使用して、鶏肉と野菜を米国のサルモネラエンテリカ感染源として特定しました。
2025年4月号に掲載された研究 新たな感染症、散発的な症例に焦点を当てており、疾病対策と予防のためのセンターの95％を占めています。
WGSは2019年にルーチンになって以来、このアプローチはアウトブレイクの追跡を改善し、食品安全ポリシーを通知する可能性があります。調査結果は、鶏肉と野菜を主要なサルモネラの源として強調し、より強力な汚染制御の必要性を強調しています。
モデルは食物源を明らかにします
研究者は、単一の食品カテゴリから供給された18,661個のサルモネラ分離株のWGSデータを使用してランダムフォレストモデルを訓練しました：鶏肉は31.3％、12.8％の野菜、トルコ12.3％、豚肉は10.9％です。 7,360の遺伝子遺伝子座を使用して、このモデルは、鶏肉分離株の97％の精度を含め、全体で91％の精度を達成しました。
2014年から2017年にかけてCDCのFoodNetプログラムによって収集された6,470のヒト分離株に適用されると、このモデルは人間の症例の34％を鶏肉に、30％を野菜にリンクしました。 50％の信頼性の高いしきい値では、これらの推定値はそれぞれ46％と27％にシフトしました。
血清型パターンが出現します
この研究では、特定のサルモネラ血清型を食物源と関連付けました。鶏肉、Typhimurium、Heidelberg、およびInfantis。ハビアナとニューポートと野菜。 4つの豚肉、[5]、12：i： – 、抗原マーカーにちなんで名付けられた血清型であり、それはTyphimuriumに似ており、しばしば豚にリンクされています。
これらの発見は、サルモネラの症例の17％のみが家禽に起因する以前の発生ベースの推定値とは異なります。研究者たちは、散発的および発生感染症が異なるリスクパターンを運ぶ可能性があり、食品サプライチェーンの汚染ポイントがこれらの変動に影響を与える可能性があると指摘しました。
トレーニングデータに鶏肉が過剰に表現されているため、モデルに調整が行われました。さらに、この研究は食品媒介源のみに焦点を当てているため、環境または動物の伝播を考慮していませんでしたが、食品はサルモネラの症例の推定66％を占めています。将来のモデルに水または動物由来の分離株を組み込むと、精度が向上する可能性があります。
完全な研究は可能です ここにあります。
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