インディアナ大学メルビン・アンド・ブレン・サイモン総合がんセンターのバイオサンプル収集およびバイオバンキングコアのディレクターであるアンナ・マリア・V・ストルニオロ博士とそのチームは、センターのすべてのバイオサンプルの包括的な管理を担当しています。
中核データには、がん患者の血液、組織サンプル、臨床データのほか、世界で唯一の正常乳房組織のバイオレポジトリであるコメン組織バンクに寄付された5,000人以上の女性からの組織、血液、病歴などが含まれています。
問題
「ご想像のとおり、これらのサンプルを効率的に収集、保管、配布、カタログ化するのは複雑な作業です」とストルニオロ氏は言う。「コアが立ち上げられたとき、サンプルは複数の異なるデータベースにまたがって管理されており、それぞれをどのように整理するかについての標準的な操作手順はありませんでした。
「異なるシステムを管理する管理上の負担により、調査クエリの完了には数週間かかることがあり、データ生成作業はプロジェクト間で重複することが多かった」と彼女は指摘する。「検索の大部分が手作業で行われていたため、この作業をサポートするチームにとって、このプロセスは信じられないほど時間のかかるものだった。」
ゲノミクスの時代医療は、さまざまな時点、集団、個人にわたって多くの洞察を得ることができます。これを最大限に活用するには、がんセンターは情報にアクセスするプロセスを簡素化する必要があります。科学者は限られた時間しか持たない分野の専門家です。正確で信頼性の高い情報を提供する使いやすいツールが必要です。
「研究の原動力となっている疑問に答えるためには、データをわかりやすく説明し、さまざまなプラットフォーム間で統合する必要がある」とストルニオロ氏は説明する。「そのためには、研究者が限られた IT リソースにそれほど依存しないように、複雑なデータベース間で通信できるツールが必要だ」
提案
IU のがんセンターには、データ「ユニバース」全体にわたる大量のデータと、構造化データと非構造化データの両方のさまざまな種類のデータに関連する複雑さを処理できるプラットフォームが必要でした。臨床データ プラットフォームは、利用可能なすべてのデータを調和させ、がんセンターの共有リソースを作成し、生体試料データと臨床データおよび遺伝子データを 1 つのアクセス可能なツールに結び付けることを約束しました。
「このプラットフォームがあれば、チームは特定のコホートに関する質問に迅速に回答し、研究チームとより効果的に連携できるようになります」とストルニオロ氏は言う。「患者のプライバシーとデータのセキュリティが維持され、パートナー間の民主化がより迅速かつ容易になるという保証は非常に大きいです。」
課題に立ち向かう
がんセンターとその臨床データプラットフォームベンダーは、バイオバンクとしてのセンターのニーズに非常に特に適したデータシステムを構築するために緊密に協力しました。 研究者のニーズ そのバイオバンクとそのデータのユーザーとして。
「プロジェクトはまだ構築とテストの段階ですが、これまでに見た最大の影響の 1 つはスピードです」とストルニオロ氏は指摘します。「これまでは、年齢、がんの生物学的特徴、治療の種類など、特定のパラメータを持つ一定数の患者を科学者が調べる必要があった場合、基準に合うサンプルの数、サンプルがどこにあるのか、サンプルを要求した研究者がアクセスできるかどうかを決定するのに数日から 1 週間かかりました。」
このプラットフォームを使用すれば、数分でこれが実行できるようになったと彼女は付け加えた。
結果
今後 1 年間で、IU がんセンターは、追加的かつより複雑な研究要求をサポートし、手作業や重複した研究データ生成に費やす時間を削減できるようになると期待しています。
「当社の研究者は、セルフサービス方式でサンプルの入手可能性をリアルタイムで確認できるようになります」とストルニオロ氏は報告した。「これにより、研究者はプロジェクトの実現可能性を判断したり、新しいプロジェクトのアイデアを生み出したりすることが、現在こうした検索を行える人員が限られているためにボトルネックとなっている現在よりも迅速にできるようになります。」
年末までに、スタッフは以下の成果を期待しています。
- 手作業に費やす時間が短縮され、重複した研究データの生成が削減されるため、継続的な運用コストが全体的に削減されます。
- リクエストあたりの時間が大幅に短縮されます。
- 支援される研究プロジェクトの数の増加。
他の人へのアドバイス
「最初のステップは、研究者に何が必要かを尋ね、業界の変化に適応し、対応していく意欲のある技術ベンダーを見つけることです」とストルニオロ氏はアドバイスする。「私たちは、これから何が起こるかすべてを知っているわけではありませんし、科学に対する考え方は常に変化しています。そのため、真の協力者であり、ユーザーのニーズに適応できる開発者と協力することが不可欠です。」
「多くの場合、技術的なニーズを考える際には、今何が必要なのか、そして科学が変化し続ける中で将来どのようなニーズが生じるのかの両方を考慮しなければならない」と彼女は続けた。
ユーザーのニーズとは別に、効率性も重要な考慮事項だと彼女は付け加えた。
「今日の複雑さと深さは 科学的データ 「多くの場合、手作業が多く発生します」と彼女は言います。「テクノロジーで効率化できる部分を把握することが重要です。手作業の一部を削減することで、研究者にとって最大の価値を生み出すことができる部分について考える必要があります。」
「全体的に、テクノロジーを取り入れることは難しいように思えるかもしれませんが、私たちがこれを実行する目的は科学を制限することではなく、科学を強化することです」と彼女は結論付けました。「適切なテクノロジーがあれば、チームはデータをよりアクセスしやすくし、研究を加速させ、イノベーションとブレークスルーを推進することができます。」
LinkedIn で Bill の HIT 記事をフォローしてください: ビル・シウィッキ
彼にメールを送る: お問い合わせ
Healthcare IT News は HIMSS Media が発行する出版物です。