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細胞アトラーゼを超えて：空間生物学は疾患の背後にあるメカニズムを明らかにしています

テクノロジーが成熟するにつれて、企業は臨床的に重要な質問をする研究者の能力を向上させる新しい機能を展開しています。たとえば、銀行の組織サンプルを分析すると、研究デザインの面で大きな利点がありますが、RNAは劣化している可能性があります。 「学術研究コミュニティまたはファーマコミュニティ、これらのタイプの測定を行いたい人は、RNAが完全に無傷のサンプルを常に持っているわけではないことがよくあります」と、科学的な共同設立者で副社長兼ポートフォリオの所有者であるVizgenのInstrumentsであるGeorge Emanuel氏は述べています。VizgenはMerfish 2.0を展開したばかりで、断片化されたRNA分子の感度が向上しています。メルフィッシュイメージングは、転写産物の長さに沿ってタイル張りの複数のプローブを使用し、メルフィッシュ2.0は、転写産物のフラグメントがゲルにどのように固定されるかを改善することにより、感度を高めます。そうすれば、プローブがフラグメントに結合すると、それらは共局在したままであり、すべてのフラグメントがスポットの強度に寄与します、とエマニュエルは説明します。その他の改善には、高強度プローブと強化されたハイブリダイゼーション条件が含まれ、信号を高めます。昨年、Vizgenは顧客にサンプルを送信させ、元のメルフィッシュプロトコルを使用して画像を画像化するのが困難であることがわかり、メルフィッシュ2.0で実行されました。 「さまざまなさまざまなサンプルタイプ全体にいくつかの大きな改善が見られました。これは、メルフィッシュ2.0が得ていた結果と比較して、メルフィッシュ2.0で最大10倍に改善されたためです」とエマニュエルは言います。 「これは、ボード全体の感度を向上させる強化された化学ですが、特にRNAが分解したサンプルでは。」一般に、空間トランスクリプトミクスの技術は、メルフィッシュなどのイメージングベースまたはシーケンスベースの2つのカテゴリに分類されます。シーケンスベースのアプローチは、ターゲットを除く方法でトランスクリプトーム全体をキャプチャできますが、これまでのところ、イメージングベースのアプローチよりも低解像度データを提供しています。ただし、すぐに、企業がこれらのギャップに対処するための高度な製品を開発するため、カバレッジと解決を選択する必要はない場合があります。2月、Illuminaは新しいSpatial Transcriptomicsキットを立ち上げました。これは、細胞分解能を使用したシーケンシングベースのターゲットを絞っていない全トランスクリプトーム分析を提供します。 「私たちが必要だった2つのことは、偏りのない全体のトランスクリプトームであったため、細胞の解像度と組み合わせて、あなたが望むものを探す能力です」と、イルミナの科学研究のシニアディレクターであるダレン・セゲールは述べています。 「それは今日の市場で欠けているようなものです。どちらかを選択する必要があります。」このシステムは、IlluminaのNovaseqまたはNextSeqシーケンサーで実行され、ライブラリキット、およびIllumina Connected Multiomicsを介した分析ソフトウェアが含まれます。 50 mm×15 mmで、現在利用可能などのプラットフォームよりも大きなサンプルエリアを収容できます。イルミナは、既存の方法と比較して、単位面積あたりの4倍の高解像度と4倍低いコストを約束します。この製品は2026年に商業的に利用可能になりますが、いくつかの早期アクセスの顧客はすでにデータを取得しています。 （これらのユーザーはキットで直接動作しませんでしたが、処理のためにサンプルをIlluminaに送信し、データを受け取りました。）「それは非常に大きなキャプチャエリアなので、それが彼らの最大の利点だと思います」とバノビッチは言います。 「サイズは大きな一歩です。スループットは、私たちができる研究のサイズと範囲とスケールの重要な要素であるため、トランスクリプトームアッセイ全体にかなり良い感度を持つ、はるかに大きなキャプチャエリアを持つことができます。イメージングベースの方法は、一般に単一細胞または細胞内解像度をキャプチャしますが、検出のためにプローブの事前に選択されたパネルに依存しています。現在、Brukerは、2025年夏に商業リリースが予定されているCOSMX Spatial Molecular Imagerの全トランスクリプトーム（WTX）パネルを導入しています。パネルには37,872のイメージングバーコードが含まれており、同社はヒトタンパク質コディングトランスクリプトーム全体の細胞内イメージングを主張しています。 2月のゲノム生物学と技術（AGBT）総会の進歩で、Brukerは、WTXが検出効率に関して液滴ベースのシングルセル分析技術と同様に実行されたことを示すデータを提示しました。4。また、COSMXは同じスライドで同時RNAとタンパク質イメージングを可能にします。これにより、たとえば腫瘍の挙動に関する詳細が明らかになります。 AGBTでの講演で、CSOのJoseph BeechemとBruker Spatial Biologyの上級副社長は、腫瘍領域と免疫浸潤の間にトランスクリプトミクスが大きな空間を示す非小細胞肺癌スライドを提示しました。プロテオミクスデータのオーバーレイにより、これらのギャップは実際には細胞外フィブロネクチンと平滑筋アクチンの厚い層であり、腫瘍ドメインと免疫細胞の間に障壁を生成していることが明らかになりました。 「私はRNAが大好きですが、それはあなたに全体の物語を与えません」とビーチェムは言いました。 「私はそのトランスクリプトームを見ています、そして私はそれを適切な文脈に置きたいです。」米国のStomics Stereo-seqテクノロジーのディストリビューターであるComplete Genomicsは、最近、FFPE組織と1つの大チップキットを処理するための2つの新しい専門キットを発表しました。 「当社のFFPE製品は、ランダムを使用できるようにする1センチチップです」とTarbox氏は言います。 「ターゲットではありません。」大型のチップでは、新鮮な凍結組織が必要ですが、サンプル面積のサイズを2 x 3センチメートルに増加させます。今月、Complete Genomicsは、Spatial Xcelleratorと呼ばれるプログラムを通じて4つの助成金を授与し、これらの高度な機能から特にプロジェクトが恩恵を受ける米国を拠点とする研究者の手に新製品を手に入れました。このプログラムは、サンプルの準備からデータ分析まで、プロセス全体をカバーするトレーニングとサポートだけでなく、無料の試薬とシーケンスを提供します。賞を受賞したプロジェクトは、小児脳腫瘍、脊髄損傷、アルツハイマー病などのトピックに対処しています。 #細胞アトラーゼを超えて空間生物学は疾患の背後にあるメカニズムを明らかにしています