(UroToday.com) 2024年のIBCN年次総会には治療反応相関に関するセッションが設けられ、Aymeric Zadoroznyj博士が、筋層浸潤性膀胱がんにおける術前化学療法への反応に関連する差次的発現遺伝子の体系的評価について発表しました。術前シスプラチンベースの併用化学療法は、筋層浸潤性膀胱がん患者の標準治療です。患者の約3分の1が病理学的完全奏効（ypT0N0）を達成し、根治的膀胱摘除術後の生存率は良好です。TURBTに基づいて病理学的完全奏効を予測することで、術前化学療法を選択的に投与できるようになり、患者を副作用や効果のない治療への曝露から守ることができます。 IBCN 2024 で、Zadoroznyj 博士とその同僚は、公開されたトランスクリプトームで病理学的完全奏効を確実に予測する遺伝子を特定し、複数の研究のデータを統合して実験検証のための遺伝子の優先順位付けを行うことを目指しました。
この研究の目的は、膀胱がんの最大のトランスクリプトームデータセットを分析し、術前化学療法における潜在的なサブタイプ固有のバイオマーカーを明らかにすることでした。データセットには、術前化学療法を受けた患者 (n>50、>1 サイクルの MVAC またはゲムシタビン + シスプラチン) のトランスクリプトーム TURBT プロファイルが含まれていました。術前化学療法のバイオマーカー評価のパイプラインは次のとおりです。
マイクロアレイ データは、「brainarray」パッケージの更新された注釈とプローブ セット定義を使用して処理され、「limma」R パッケージを使用して差次的発現解析が実行されました。遺伝子には各コホートの差次的発現ランクが割り当てられ、ランクはサンプル サイズ、重要な遺伝子の数、または重み付けなしでコホート間で結合されました。結合されたランク リストは、根治的膀胱摘除術のみのデータセットの結果に対してフィルター処理され、術前化学療法がない場合の pT0N0 に関連する遺伝子にフラグが付けられました。
3 つの術前化学療法コホートが含まれていました。 (2017)、1 n = 262;ショーダールら。 [2] (2022)、n = 125;およびラーナーら。 [3] (2024)、n = 168、および根治的膀胱摘除術のみのコホート1つであるSjödahl et al.4 (2018)、n = 186でした。病理学的完全奏効状態による差次的発現解析は、すべてのコホートに存在する15,757個の遺伝子に対して実施されました。有意性によって重み付けされた「limma」を使用した、術前化学療法特異的反応に関連する上位遺伝子は、KBTBD4、C9orf64、TK1、SMCO4、およびNR1H3でした。抵抗に関連する上位遺伝子は、SDCCAG8、FGGY、CRCP、IFT57、およびINO80Dでした。Ba/SqサブタイプのGO term解析では、細胞傷害性T細胞、NK細胞、および免疫応答が示され、Uroサブタイプでは細胞増殖と細胞周期が示されました。
将来の展望は次のとおりです。
- 再サンプリングテスト
- 免疫組織化学によるサブタイプ特異的バイオマーカーの検証
- バイオマーカーの機能解析
- 将来のコホートを組み込むためにランク表を維持する
Zadoroznyj 博士は、筋層浸潤性膀胱がんの術前化学療法への反応に関連する差次的に発現する遺伝子の体系的な評価について論じたプレゼンテーションを、次の要点を挙げて締めくくりました。
- 複数のコホートを組み合わせることで、差次的発現解析の堅牢性が向上します。
- 分子サブタイプによって非常に異なる結果が得られる
- DEscoreは、新しいデータによって改善されるバイオマーカーの優先順位付けパイプラインです。
発表者: アイメリック・ザドロズニー医学博士、ルンド大学、ルンド、 スウェーデン
著者：ザカリー・クラッセン医学博士、理学修士 – 泌尿器腫瘍医、泌尿器科准教授、ジョージアがんセンター、ウェルスターMCGヘルス、Twitterで@zklaassen_md 2024年国際膀胱癌ネットワーク（IBCN）年次総会、スイス、ベルン、2024年9月19日（木）～9月21日（土）
参考文献:
. 2018年12月;31(12):1869-1881
1726950555
#筋層浸潤性膀胱癌における術前化学療法への反応に関連する発現差のある遺伝子の体系的評価
2024-09-21 20:17:46