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OK! RNAsee のベンチマーク結果。a APOBEC3A と APOBEC3G は、ステムループ構造のシトシンを優先的に編集します。編集されたシトシンは黒で囲まれています。(b–d) では、赤はルールベース、青はランダムフォレスト、黄色はユニオン、緑はインターセクションモデルを表します。(b) 比例セットでテストした場合、ランダムフォレストモデルの AUROC は 0.962、ルールベースモデルの AUROC は 0.892 でした。2 つの主要モデルと 2 つのコンセンサスモデルの再現率 (c) と精度 (d) は、テストセットと比例セットで評価されました。クレジット: Communications Biology (2024)。DOI: 10.1038/s42003-024-06239-w
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RNAsee のベンチマーク結果。a APOBEC3A と APOBEC3G は、ステムループ構造のシトシンを優先的に編集します。編集されたシトシンは黒で囲まれています。(b–d) では、赤はルールベース、青はランダムフォレスト、黄色はユニオン、緑はインターセクションモデルを表します。(b) 比例セットでテストした場合、ランダムフォレストモデルの AUROC は 0.962、ルールベースモデルの AUROC は 0.892 でした。2 つの主要モデルと 2 つのコンセンサスモデルの再現率 (c) と精度 (d) は、テストセットと比例セットで評価されました。クレジット: Communications Biology (2024)。DOI: 10.1038/s42003-024-06239-w
バッファロー大学の研究者による新たな研究結果により、RNA編集は、これまで一般に考えられていた以上に、人間の生物学や人間の病気の発症に大きな役割を果たしている可能性があることが明らかになった。
で 記事 5月4日にコミュニケーションズ・バイオロジー誌に掲載されたこの研究論文の著者らは、この研究が分子生物学の仕組み、特にタンパク質や遺伝子がどのような反応を示すかについて、より微妙な理解に役立つ証拠を提供していると結論付けている。 環境問題。
RNA編集部位は変化を引き起こす 一塩基多型 転写された遺伝子における SNP（ヒトの最も一般的な遺伝的変異）は、さまざまなタンパク質のコード化につながる可能性があります。これらのさまざまなタンパク質の発現は、広範囲にわたるヒトの疾患の要因となる可能性があります。
生物学の変化
「外部現象は、感染症であろうとなかろうと、生物学的に変化をもたらし、直面している課題への対応方法を変える可能性があります。 気候変動「」と、UBのジェイコブス医学・生物医学学部の生物医学情報学部の教授兼学部長であり、責任著者でもあるピーター・L・エルキン医学博士は説明する。
このような種類の課題により、インターフェロンがアップレギュレーションされ、RNAを編集する酵素ファミリーであるAPOBEC酵素の放出が刺激されると彼は続けます。
この研究は、この酵素ファミリーに焦点を当てています。エルキン氏のチームは、DNA に特定の種類の変化をもたらす SNP の 4.5% が RNA 編集の可能性のある部位であることを発見しました。この種類の RNA 編集がこれらの部位のほんの一部で発生した場合、人間の健康に重大な影響を及ぼす可能性があると著者らは述べています。
これまでの研究では、APOBECを介したRNA編集と特定の自己免疫疾患や神経疾患との間に何らかの関係があることが示されている。エルキン氏は、遺伝子の約70％が 神経疾患 少なくとも 1 つの RNA 編集部位が関与します。
「ゲノムには、こうした変化の影響を受けやすい特定の領域があることがわかった」と同氏は述べ、RNA編集部位が遺伝性疾患に大きな影響を与える可能性があることを示唆している。
研究者らは、ロズウェルパーク総合がんセンターの協力者がRNA編集部位が特定のがんに関与していることを発見し、さらに興味をそそられた。
「RNA編集部位は、これまで考えられていたよりも、病気に大きな役割を果たしている可能性があると思い始めた」とエルキン氏は言う。
RNAシー
ゲノム内のすべてのRNA編集部位を発見するために、研究チームはRNAseeと呼ばれる計算ツールを開発し、機械学習で検証しました。
このツールにより、RNAsee によって発見された潜在的な編集部位のうち 22.7% が「おそらく病原性」または「病原性」と分類され、「おそらく良性」または「良性」と分類されたのはわずか 9.2% であることが分かりました。
著者らは、この発見は彼らが研究したタイプのRNA編集が「人間の健康に悪影響を及ぼす可能性がかなりある」ことを示していると書いている。
「この研究は、ヒトが発現するタンパク質の完全なセットを指して、プロテオームがどのように発達するかについての理解に新たな側面を加えるものだ」とエルキン氏は言う。
同氏は、研究の次のステップは、RNA編集部位が発見された特定の疾患の遺伝学を研究している研究者が、これらの発見を追及することだと付け加えた。
「研究者たちが、RNA編集部位を発見した注目の遺伝子を調べる基礎実験を継続してくれることを期待しています」とエルキン氏は言う。
詳しくは：
Melissa Van Norden他「APOBEC3を介したCからUへのRNA編集がヒト疾患に与える影響」Communications Biology（2024年）。 DOI: 10.1038/s42003-024-06239-w
ジャーナル情報:
コミュニケーション生物学
1716990073
#研究者らはRNA編集部位が遺伝性疾患においてより重要な役割を果たしている可能性が高いことを発見した
2024-05-29 13:30:53