マシュー・ヘネシー トゥイ・ホアン・ティ、ジェイナ・ラグワニ、ユンジョン・キム、ホア・ティ・タイン・ファム、トラン・フエン・グエン、フン・コック・グエン、ジョシュア・G・リントン＝ジェンキンス、アシュリー・C・バンヤード、イアン・H・ブラウン、ジョー・ジェームズ、トム・ルイス、ニコラ・S・ルイス、ダーク・ファイファー、フィオナ・トムリー、デイマー・ブレイク、ゴック・ファム・ティ、アンコナン、ヴォンギア・ブイ1とギョーム・フルニエ1
著者の所属: 英国ロンドン王立獣医大学 (M. Hennessy、J. Raghwani、NS Lewis、D. Pfeiffer、F. Tomley、D. Blake、G. Fournié)。国立獣医学研究所、ニャチャン、ベトナム（TH Thi、TH Nguyen、HQ Nguyen、NP Thi、VN Bui）。オックスフォード大学、オックスフォード、英国 (Y. Kim);モンペリエ大学、フランス、モンペリエ (HTT ファム、A. コナン);世界獣疫機関/食糧農業機関 鳥インフルエンザ国際参考研究所 動植物衛生局、英国アドルストン (JG リントン-ジェンキンス、AC バンヤード、J. ジェームス、T. ルイス)。パーブライト研究所、英国パーブライト (IH ブラウン);世界保健機関インフルエンザ参照研究協力センター、ロンドン (NS ルイス);中国、香港市立大学 (A. コナン);国際開発フランス農業研究センター、ハラレ、ジンバブエ (A. コナン);リヨン大学、マルシー レトワール、フランス (G. Fournié);クレルモン オーヴェルニュ大学、サン ジュヌ シャンパネル、フランス (G. フルニエ)
ガチョウ/広東/1/96 系統の高病原性鳥インフルエンザ A サブタイプ H5N1 ウイルスと低病原性鳥インフルエンザ A サブタイプ H9N2 ウイルスは、ベトナムを含む東南アジアの風土病です。どちらのサブタイプも家禽の生産に影響を及ぼし、人獣共通感染症のリスクを引き起こします（1) 新しいウイルス再集合体の生成への直接的および関与を通じて (2）。ベトナムでは、この亜型は生きた鳥市場で頻繁に検出されており、有病率の上昇は複数の供給源からの家禽を混合するなどの慣行と関連しています（3）。しかし、この調査結果は慎重に解釈されるべきである。なぜなら、農場とそこが供給する市場の有病率データは限られており、市場に注目するあまり、大規模な食肉処理施設が家禽の流通において重要な役割を果たしているにもかかわらず、そこから注意がそらされているからだ。これらのギャップにより、家禽の飼育、取引、消費に使用される生産流通ネットワーク (PDN) における鳥インフルエンザ ウイルス (AIV) 感染リスクの理解が制約されます。私たちはベトナム北部で横断研究を実施し、鶏における鳥インフルエンザA(H5N1)およびA(H9N2)の有病率を評価し、AIVの有病率が農場および異なる流通施設のタイプ間でどのように変化したかを明らかにし、ウイルスの遺伝的多様性がPDNに沿ってどのように構造化されているかを調べました。
図1
図 1. ベトナムのバクザン省、ハノイ市、ハイズオン省、クアンニン省の鶏肉生産および流通ネットワークにおける鳥インフルエンザウイルス A(H9N2) 流行調査の地理的地域と場所、2021 年 3 月から 3 月…
私たちは、4 つの省 (バクザン、ハノイ、ハイズオン、クアンニン) にわたって、小売市場と卸売市場、小規模屠殺場、産業屠殺場を含む 50 の農場と 52 の流通施設を選択しました (図 1)。私たちは、成長の遅いカラーブロイラー鶏（つまり、ベトナムで生産される鶏肉のほとんどを占める在来の雄鶏と成長の早いブロイラー鶏の交雑種）を取引または加工している流通施設を特定しました。 [4]) 州当局および貿易業者との協議を通じて。各州の都市部にある 4 つの小売市場と 4 ～ 5 の食肉処理場をランダムに選択し、調査地域内のすべての卸売市場と食肉処理場を募集しました。私たちはインタビューと雪だるま式サンプリングを通じて、流通施設を供給している農業地域を追跡しました。これらの供給地域の農場リストから、配送施設ごとに 1 つの農場をランダムに選択しました。 2021年3月から2022年3月にかけて、各施設の15頭の成長の遅いブロイラーと、成長の速いブロイラーが存在する場合はそれらから中咽頭および総排出腔の綿棒標本を収集しました。農場では、生産サイクルの終わり近くにある群れをサンプリングしました。私たちは、畜産、ワクチン接種、貿易慣行を把握するために構造化されたアンケートを実施しました。私たちの研究は、国立獣医学研究所（ベトナム）（承認番号 020-480433/DD-YTCC）および王立獣医大学（英国）倫理福祉委員会（承認番号 URN: 20204811983-3）によって承認されました。参加者は研究について説明を受け、参加することに口頭で同意するよう求められました。
リアルタイム逆転写 PCR を使用して、サンプルのインフルエンザ A ウイルス マトリックス遺伝子をスクリーニングしました (5）、次にサブタイプ化された陽性サンプル（つまり、サイクルしきい値の付録 1 を持つサンプル）。私たちはサイクル閾値 30 でサンプルの配列を決定し、GISAID を通じて配列が入手可能な 2018 年から 2022 年のベトナムのゲノムと比較しました (https://www.gisaid.org）、ゲノムを GISAID に提出しました（付録 2）。系統構造と再集合パターンを推測するためにベイジアン手法を使用して系統解析を実施しました (6）。ベルヌーイモデル（SaTScan、SaTScan、 https://www.satscan.org) およびベイジアン階層ロジスティック回帰モデル (https://doi.org/10.32614/CRAN.package.R2jags) 現場レベルおよび鳥レベルでの AIV 感染率を推定します。
すべての農場は独立して所有されており、サンプリング時に生後 70 ～ 240 日（平均 116 日）の成長の遅いブロイラー 100 ～ 15,000 頭（中央値 2,000 頭）を飼育していました。農家の 60% が自分の群れに AIV ワクチン接種を行ったと報告しました。
最良適合モデルでは、流通施設を種類と供給地域によって区別していましたが (付録 1 表 4)、鶏肉の種類やサンプリング期間を含めてもモデルの適合度は向上しませんでした。全体として、流通施設における鳥類レベルの蔓延率は農場よりも約5倍高く、非公式の屠殺場で最も高く、小売市場、屠殺場、卸売市場がそれに続いた（表）。インフルエンザA(H9N2)ウイルスの有病率は、農場でも卸売市場とほぼ同じくらい高く、農場から小売市場までは254%（95%の最高密度区間は4%～754%）、農場から屠殺場までは545%（95%の最高密度区間は108%～1396%）増加すると推定されています（表）。
図2
図 2. バクザン、ハノイ、ハイズオン、およびクアンの鶏肉生産および流通ネットワークにおける H9N2 ウイルス蔓延の研究において、鳥インフルエンザ ウイルス A(H9N2) ウイルス ゲノムをサンプリングした赤血球凝集素の時間スケールの系統発生
図3
図 3. バクザン、ハノイ、ハイズオンなどの鶏肉の生産および流通ネットワークにおける H9N2 ウイルスの蔓延の研究における、サンプリングされた鳥インフルエンザ ウイルス A(H9N2) ウイルス ゲノムのノイラミニダーゼの時間スケールの系統発生
H9 配列に基づいて、すべてのウイルスをクレード B4.71 に割り当てました (最大同一性 >96%)。 H9N2 ウイルス ゲノムの時間スケールの系統発生は、限られた遺伝的多様性を示しました (図 2、3; 付録 1、図 5、6)。サンプリングされたすべてのウイルスの最新の共通祖先までの推定時間は広範囲に及んでいました (すべてのセグメントにわたる 95% の最高事後密度間隔 2008 ～ 2018 年) が、ほとんどの配列は最新の共通祖先までのより新しい時間を共有していました (95% の最高事後密度間隔 ≈ 2017 ～ 2019)。私たちのデータセットには、ハノイの時空間クラスターを形成する 3 つの農場からの配列が含まれていました (外部の農場よりもリスクが 23.5 倍高い; p = 0.045) (図 2、3、付録 1、図 5、6)。 2 つの農場からのウイルスは疫学的な連鎖と一致する高い遺伝的同一性を持っていましたが、3 番目の農場 (部位 531) からのウイルスは 8 つの遺伝子セグメントすべてで別々にクラスター化されており、時空間クラスターには 2 つ以上の遺伝的に異なる系統が関与していることが示唆されました。これらの発見は、流通施設内および流通施設間で遺伝的に異なるウイルスが検出されることに加えて、地域規模で異なる H9N2 ウイルス系統が存在すること、および地域内で頻繁に再集合が起こることを示しています (図 2、3)。
私たちの結果は、供給農場の起源を含む家禽の生産と流通ネットワークの構成が、H9N2 ウイルスの蔓延、ひいては人への曝露リスクに影響を与えることを示しています。 PDN に沿ったウイルス循環増幅のパターンは、ベトナム南部とバングラデシュでの研究と一致しています (7、11）そしておそらく取引条件を反映しています。例えば、鳥類は複数の発生源から混合されており、長時間にわたるストレスの多い輸送（つまり、混雑や栄養不足）を経験し、途中でウイルスにさらされ感染する機会が生じます。この発見は、供給地域を含めた場合のモデルの適合性の向上によって裏付けられ、調達と流通の慣行が流通施設でのウイルス蔓延に影響を与えることを示唆しています。
屠殺場や小売市場における高いウイルス蔓延は、おそらく卸売市場を含む複数の供給業者が関与する調達を反映しており、鶏がサンプリング前に PDN 内でより長く滞在したことを示しています。 AIV の遺伝的多様性に地理的構造が欠如していることは、家禽集団間でウイルスが広範囲に混合していることをさらに示しています。したがって、管理と監視の取り組みは家禽の PDN 全体に取り組む必要があります。
ベトナムの鳥・ヒトインフルエンザ対策プログラムでは、卸売市場と産業用屠殺場の整備とその利用促進を優先しています（12）。このような施設の普及率が低いことはこの焦点を裏付けていますが、食肉処理場は依然として十分に活用されておらず、非公式の食肉処理場が依然として好まれています（13）。監視およびリスク軽減戦略は、小規模で非公式だが広く使用されているベトナムの多数の流通施設も対象とする必要があります。
ヘネシー博士は、英国ロンドンの王立獣医大学の博士研究員です。彼の主な研究対象は、食品システムの安全性と持続可能性、そして人間と動物と環境の関係が病気の伝播にどのように影響するかです。
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我々は、ベイズモデルの初期開発を支援してくれたサイラ・バット氏、市場や屠殺施設の位置に関する情報を共有してくれた食品農業機関とベトナム畜産省、そしてこの研究に参加するために時間を割いてくださった多数の参加者に感謝します。
この研究への財政的支援は、英国政府のグローバル・チャレンジ研究基金学際的研究ハブ・イニシアチブに基づいて資金提供されている12の学際的研究ハブのうちの1つである王立獣医大学に授与された英国研究イノベーション・グローバル・チャレンジ研究基金ワン・ヘルス家禽ハブ（助成金番号BB/S011269/1）を通じて得られた。 GF は、フランス国立研究庁とフランス高等教育研究省によって支援されています。動植物保健庁の職員は、英国環境・食糧・農村省および分権されたスコットランドおよびウェールズ政府から資金提供を受けました（補助金番号 SE2213、SE2227、および SV3006）。
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2026-02-12 22:27:00