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著者の所属: National and World Organization for Animal Health Reference Laboratory for サルモネラヴェネツィア動物予防実験研究所（イタリア、レニャーロ）
人間の健康と動物生産に脅威をもたらす変異種の出現は、疫学の特徴です。 サルモネラ (1) とそのバリエーション S. エンテリカ 血清型 Infantis (抗原式 6,7:r:1,5)。 過去数十年にわたり、この血清型は家禽連鎖に沿って急速に出現しました。 2024 年の時点で、これは欧州連合のブロイラー鶏から分離された最も蔓延している血清型であり、ヒトで最も一般的な 4 つの血清型の 1 つです (2、3）。 欧州委員会が特定した サルモネラ 対象血清型としての乳児は、繁殖期の群れで分離された場合に制御措置を実施する必要があります。 雄鶏は雄鶏だ 鶏（4）。 イタリアで実施されている強制管理措置の一部は、農場で適用される適切な健康措置です。 ～の根絶または虐殺 サルモネラ– 陽性の鳥とその死体の管理は EC 規則第 2 号に従って行われます。 1069/2009; および産卵された卵の廃棄 サルモネラ 乳児陽性グループと群れの環境および施設の追加の洗浄および消毒手順。 特定された場合に実施される厳格かつ対象を絞った管理措置 サルモネラ 乳児陽性の群れ (5）標準化された分析方法（つまり、物質の分離には ISO 6579:1）が必要です。 サルモネラ 高品質のサーベイランス、陽性サンプルの迅速な特定、および根絶措置の迅速な実施を確保するための血清型別のカウフマン・ホワイトスキームに基づく方法または検証された代替方法）。
不完全な抗原式を有し、典型的な鞭毛抗原を保有する分離株 サルモネラ 乳児 (r:1,5) は体細胞 (6,7) を欠いており、イタリアでは家禽源から隔離されることが増えています。 担当研究室 サルモネラ これらの分離株を迅速に特定して特徴づけ、これらの非定型変異体が感染していないかどうかを確認するには、管理と監視が必要です。 サルモネラ Infantis 株は、繁殖のために農場で隔離管理されます。 G. ガルス 家禽。 私たちの調査には、家禽連鎖に沿ったそれらの広がりを推定するために、食品マトリックスから分離されたこれらの非定型的特徴を示す株も含まれていました。
合計31個をテストしました サルモネラ 考えられる菌株 サルモネラ 乳児ではあるが、動物 (N = 20) および食物 (N = 11) からの完全な抗原式の発現が欠如していた。 これらの菌株は、2014 年から 2022 年にかけてイタリアのさまざまな地域で採取されたサンプルから分離されました (テーブル）。 野生型を1つ含めました サルモネラ 参照として食品から分離されたインファンティス株。 すべての血清型を特定しました サルモネラ スライド凝集により分離します サルモネラ 抗血清サンプル (Statens Serum Institut、コペンハーゲン、デンマーク); ISO 6579:3 に従って抗原性処方を割り当てました。 完全な抗原式が発現されなかったために従来の血清型検査では決定的な結果が得られなかった場合は、xMAP を使用して分子血清型検査を実行しました。 サルモネラ 血清型別アッセイ (6）。 特に、体細胞抗原と C1 プローブ (電話をかける 遺伝子）は野生型の場合に期待されます サルモネラ インファンティスは分離します。 コロニーの形態を寒天トリプトース固体培地上で調査した。 Sensititer EUVSEC パネル (TREK Diagnostics System、ThermoFisher、 https://www.thermofisher.com）および欧州抗生物質感受性検査委員会（EUCAST）の疫学カットオフ値に従って結果を解釈しました。 私たちが選んだのは、 米国 に特異的なマーカー遺伝子としての遺伝子 (SIN_02055) サルモネラ 幼児。 我々は、Yangらによって記載されたこの遺伝子を標的とするPCRを使用した。 (7）株が以下に属しているかどうかをテストするための識別マーカーとして使用されます。 サルモネラ インファンティス血清型。 最後に、Petrin et al. に記載されているように全ゲノム配列決定を実行しました。 (8) およびコアゲノム多座位配列タイピング (cgMLST) スキームアプローチを使用しました (9) 調査した株間および野生型との遺伝的関連性を評価するため サルモネラ インファンティス株。 また、Costa et al. によって記載されているように、インシリコ血清型分析も実行しました。 (9）。
図1
図1。 コロニー形態の比較 サルモネラ・エンテリカ 2014 年から 2022 年にイタリアで収集された血清型 Infantis 分離株。 分離株を寒天トリプトース固体培地で24時間増殖させた。 A) …からの粗いコロニー
32 株のうち 31 株は 6,7 抗原の体性血清検体と凝集せず、それらの抗原式が -:r:1,5 (テーブル）。 分子血清型分析により、9 株の C1 体細胞プローブとの一致が特定されました。 そのうち 3 件は食品から、6 件は動物源から分離されました。 残りの 22 株については、C1 体細胞プローブによる検出は陰性でした。 典型的な検出 サルモネラ 乳児鞭毛抗原は、試験したすべての菌株で陽性でした。 インシリコ血清型検査では、27 株の O 抗原コード領域について決定的な結果は得られませんでした。 これらの結果は、さらなる分析の必要性を裏付けています。 26 株は粗いコロニー形態を示しました (図1)、これらの菌株が病原性であるかどうかは不明のままですが、多くの場合、免疫防御に対する感受性の増加に寄与します(10）。 選択された株のほとんどは、複数の抗菌薬 (アンピシリン、シプロフロキサシン、アジスロマイシン、ナリジクス酸、テトラサイクリン、トリメトプリム、スルファメトキサゾール) に対して同様の耐性パターンを共有していました (付録 表）循環している野生型の典型 サルモネラ インファンティス株がブロイラー集団に蔓延（1）。
図2
図2。 コアゲノムMLST解析に基づく最小スパニングツリー サルモネラ エンテリカ 2014 年から 2022 年にイタリアで収集された血清型 Infantis 株 (非定型分離株を含む)S。 -:r:1,5)。 あ）…
不完全な抗原式を有する 31 個の分離株すべて、および完全な抗原式を持つ分離株は、 米国 彼らのゲノムに存在する遺伝子。 この遺伝子の存在は、体細胞抗原の発現が不完全な非定型株を迅速に診断するための有望なツールと考えられます。 分離株間の遺伝的関連性を確立するためにcgMLSTが実施した調査では、異なる株を特定することはできませんでした。 サルモネラ 従来の血清型別 (図2パネル A) および分子血清型別 (図2パネルB）。
私たちの結果は異種混合を説明します サルモネラ Infantis 株はイタリアの家禽食品チェーンに広く普及しています。 この不均一性には、おそらくコロニーの形態にも影響を与えるであろう抗原をコードする遺伝的背景が関係していると考えられます (11）。 の大まかな形態はよく知られています。 サルモネラ 分離株は、リポ多糖 O 抗原をコードする遺伝子の欠失または切断に由来します (12）。 しかし、私たちの研究では、非定型株で特定された大まかな表現型と、 電話をかける 遺伝子にも、分離マトリックスやソースにも影響を及ぼしません。 ゲノムレベルでのさらなる分析により、欠失/切断パターンが明らかになり、関与する遺伝子が特定されるでしょう。 O 抗原をコードする遺伝子領域は、多くの異なる遺伝子で構成されています (13、14）。
私たちは、完全な抗原式の発現を欠いた非定型株は、野生型と遺伝的に区別できないことを発見しました。 サルモネラ インファンティス。 また、我々は、調査したすべての非定型分離株に共通して、野生型の循環クローンで共通に記載されている複数の抗菌化合物に対する耐性を提供する抗菌耐性プロファイルに対する明確な兆候も発見した。 サルモネラ 子供たち （1、15）。 この類似性は、それらの体細胞変異株が野生型に近い可能性をもたらします。 サルモネラ 完全な抗原性を示す Infantis 分離株。 間の密接な関係 サルモネラ 不完全な抗原式をもつ乳児および変異株と、O 抗原発現の欠如の理由をさらに調査する必要があります。 非定型株を特定することは、それらが非定型株として認識されないため、診断上の問題を引き起こす可能性があります。 サルモネラ 従来の血清型別による乳児の検査。これは依然として、感染症を担当する研究室で最も一般的に使用されている方法です。 サルモネラ 監視。 このような非定型株を特定することが難しいため、感染した家禽群の迅速な認識が損なわれ、法律で義務付けられている対象を絞った防除措置の適時の実施が妨げられる可能性があり、公衆衛生に重大な影響を与える可能性があります。
ペトリン博士は、国立および WOAH 参考研究所の微生物部門のバイオテクノロジー者です。 サルモネラ イタリアで。 彼女の主な研究対象は分子疫学と微生物の抗菌薬耐性です。 サルモネラ。
我々は、動物予防実験研究所、ロンバルディア州とエミリア・ロマーニャ州の動物予防実験研究所、アブルッツォ州とモリーゼ州の動物予防実験研究所、プーリア州とバジリカータ州の動物予防実験研究所、ラツィオ州とトスカーナ州の動物予防実験研究所、ウンブリア州とマルケ州の動物予防実験研究所に感謝する。貢献した サルモネラ この研究のための菌株。
生の配列データは欧州ヌクレオチド アーカイブ (https://www.ebi.ac.uk/ena) アクセッション番号の下に PRJEB72047。
この研究はイタリア保健省の支援を受けた（助成金番号 RC IZS VE 02/23 家禽サプライチェーンにおける新興病原体の病因と疫学：新興病原体の持続性と適応） サルモネラ 幼児と新しい生物的防除戦略）。
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2024-03-18 17:30:36