研究参加者の特徴
HPVは18人（62.1％）の女性から検出されました。年齢は 32 歳から 44 歳の範囲であり、平均は 37.2 歳であった。大多数 (62.1%) は白人でした。 HPV検出と年齢または人種との間に関連性はありませんでした（表 1）。 HPVが検出された症例のうち、1回目の採取のみで3名（16.7%）、2回目の採取で12名（66.7%）、両方の採取で3名（16.7%）がHPV陽性でした。最初のサンプルでは合計 6 人の女性が HPV 陽性であったのに対し、2 番目のサンプルでは 15 人が陽性でした。この差は統計的に有意です (p = 0.0059 フィッシャーの直接確率検定)。
14 人の女性 (77.8%) が単一の HPV 型に対して陽性であり、3 人 (16.7%) が 2 つの型を併発し、1 人の女性 (5.6%) が 3 つの型を陽性でした。検出された HPV 型のうち、60% が HPV-LR に関連していました。 20% が HPV-HR (HPV51 および HPV68) であり、20% が未分類のリスク HPV です。検出された HPV は、パピローマウイルスファミリーに属する他のウイルスと高い同一性 (> 98%) を共有する 26 個のコンティグをもたらしました (表) S1）。
表 1 研究対象者から検出された HPV の型と臨床診断
HPVゲノムの構成
同定されたコンティグは、長さ 7,186 bp ～ 8771 bp の二本鎖環状 DNA ゲノムを示し、GC 含量は 36.2 ～ 46.4% でした。初期タンパク質 (E6、E7、E1、E2、E4、および E5)、2 つの後期タンパク質 (L2 および L1)、および制御領域 (URR) をコードする 6 ～ 8 つの ORF が同定されました (表 1;イチジク。 1）。ゲノム構成は、パピローマウイルス科の他のゲノムと一致するドメインおよび保存されたモチーフの存在を示しています (表 S2–S8）。
HPV-68 (C36a) のゲノム構成。ウイルスタンパク質 (E6、E7、E1、E2、E4、E5、L2、および L1) と、L1 と E6 の間に位置する非コード領域 (URR) が示されています。
E6 および E7 は、細胞増殖の制御に作用すると頻繁に説明されています。両方のタンパク質がすべての配列で同定されました。 E6 には 139 ～ 162 個のアミノ酸が含まれます。このタンパク質は、短い N 末端尾部と C 末端尾部に隣接した 2 つの亜鉛結合ドメイン (CxxC (x-29 aa) CxxC) を示します。細胞内の安定性と立体構造に関与する末端 [45]。さらに、C 末端領域の一部の配列 (C16a、C36a、および C48a) では、PDZ (ETQV)、PBM (GTTL/RTEV)、PKA (RRYS/RRRT)、および AKT (RERPRT) モチーフが発がんリスクの高い HPV に存在します。特定された [46]。 E7 は 92 ～ 110 個のアミノ酸で構成され、2 つの保存領域 (CR1 および CR2) があります。 CR2 領域では、15 の配列でモチーフ (LXCXE) が予測されました: LYCNE (C09a、C09b、C29、C34c、C36b、C18b、C45、C46 および C48c)、LYCDE (C18a および C34b)、LQCYE (C16a および C48b) 、LLCNE (C30) および LVCHE (C36a)、保存された網膜芽細胞腫腫瘍抑制タンパク質 (pRB) に結合する重要な機能があります。 [47]。すべての配列の C 末端ドメインで、二量体の形成とウイルスの機能を助ける亜鉛結合ドメインが同定されました。
E1 タンパク質の長さは 422 ～ 652 アミノ酸の範囲です。タンパク質はすべての配列で観察されました。核局在化シグナル (NLS) を持つ N 末端輸送ドメインは、配列 C05、C14、C38、C40、C42、C43、および C48a に見つかりました。 DNA 結合ドメイン (PF20450) およびヘリカーゼ ドメイン (PF00519) も予測され、10 の配列で保存された ATPASE オリゴマー化領域 (GXXXXGKT/S) が見つかりました: GPPDTGKS (C05、C34c)、GPSDTGKS (C14、C16b、C18a、 C34b、C43 e)、GPPNTGKS (C16a および C36a) および GPPDTGKS (C30) この構造は、感染したケラチノサイト細胞の核におけるウイルスエピソームの複製および増幅に重要です。 [5, 48]。
E2 は 158 ～ 408 aa の長さで、ウイルス ゲノムへの細胞因子の動員に関与し、転写プロセスを活性化または抑制します。 [6]。 N 末端トランス活性化ドメイン (PF00508) および C 末端 DNA 結合および二量体化ドメイン (PF00508) は、結合ドメインが検出されなかった配列 C38、C42、および C45 を除くすべての配列で予測されました。 DNA二量体化。
E4 タンパク質 (C05、C14、C16a、C30、C34a、および C48a を除く) については、長さが 94 ～ 166 aa の範囲の合計 20 の配列が予測されました。 N 末端領域では、保存されたロイシン モチーフ (LLKLL) が C18a および C34b で検出され、プロリン クラスター (PXXP) もすべての配列で観察されました。これらのモチーフはそれぞれケラチン結合と細胞周期停止に重要です。 [48]。
L1 および L2 は、それぞれキャプシドの主要構造タンパク質と副構造タンパク質です。 L1 は、173 ～ 521 個の aa からなる最も保存された HPV タンパク質です。 L2 は集合段階で役割を果たし、感染プロセスは 234 ～ 531 アミノ酸の長さで高度に保存されています。 [10, 11, 13]。 16 の配列において、高度に保存されたフューリン モチーフ (RXK/RR) が予測されました: RRKR (C16a、C16b、C18a、C36a、C48b、および C34b)、RVKR (C31、C32、C38、C40、C42、および C48a)、RLKR (C05) 、C34a)、RAKR (C14、C43)。
URR は ORF L1 と L6 の間にありました。 3′ 末端にポリアデニル化テールを付加し、後期ウイルス転写物を処理するために不可欠な、5′ 末端に推定上のポリアデニル化部位 (AATAAA) が含まれています。 [15, 49]。
HPVの種類
タイプのレベルでの分類学的分類には、Pavic L1.同じ型の HPV は、別の公式に確立された型と L1 タンパク質領域の 90% 以上を共有します。これらの基準に基づいて、22 の配列が他の HPV 配列と 94.19 ～ 100% の範囲の同一性を示しました (表 S9)、4 つの配列、C05 (77.37%)、C34 (77.41%)、C16b (78.11%)、および C30 (74.15%) は、他のタイプと 90% 未満の同一性を共有しました。
系統解析と遺伝的距離
系統推定は、L1遺伝子領域の塩基配列に基づいて行われました（図1）。 2）。このツリーは、配列をアルファパピローマウイルスとガンマパピローマウイルスの 2 つの属に分類することを示しました。最初に、配列は 3 つのクレードにグループ化されました。クレード I は、C16a および C48a を含む Alpha_5 に分類される配列で構成され、BLASTn で最も近い OP971008 配列と 99.80%、99.93%、および 99.73% の同一性を共有し、99.40% および 99.73% の同一性を共有します。 99 0.60% (HPV51 参照 MT783412)、 それぞれ。 Alpha_7 のクレード II、C36a は、KC470279 と 98.13%、HPV68 参照 DQ080079 と 92.84% の同一性を持っています。
Alpha_3 のクレード III、C09a、C09b、C18b C29、C34a、C36b、C44 ～ C48b は、互いに 99.53 ～ 100% の同一性を示し、OP712020 とは 97.90 ～ 99.73%、HPV83 AF151983 と比較して 97.42 ～ 98.61% の同一性を示しました。 C18a と C34b は密接に関連しており、BLASTn OP970998 と 99.93%、HPV84 参照 AF293960 と 99.27% の同一性を持っています。
第 2 属の Gamma では、配列は 5 つの分岐群に分類されます。クレード I には、未分類配列 MH777367 と比較して 99.71%、Pavic L1 の NC_040728 と 72.56%、および (ガンマ 19) の HPV222 の MH172379 と 65.49% の同一性を有する C30 が含まれます。 Gamma_19 参照の範囲は 64.54 ～ 68.70% でした。
Gamma_15 のクレード II は、C05 と C34c の同一性が 98.77%、未分類の MH777317 と 99.00% と 98.76%、HPV230 および 78 の OQ915151 と 98.74% と 99.93%、MK645900 と比較すると 80% と 77.67% を共有します。それぞれHPV207の配列。 MH777317 と OQ915151 は 98.70% の同一性を共有しており、これは配列が同じタイプ (HPV230) に属することを示唆しています。
ガンマ 12、C16b のクレード III は、Pavic L1 の HPV210 の MH460955 と比較して 78.21%、HPV132 の GU117632 参照と 78.28%、HPV132 として分類された BLASTn の MF588718 と 98.22% の同一性を持っています。 GU117632 と MF588718 は 78.08% の同一性を共有していることに注意してください。これは、GU117632 と MF588718 が同じタイプの HPV132 ではないことを示しています。
Gamma_23、C43 のクレード IV は、99.00% の同一性で HPV175 の KC108721 に最も近いです。 Gamma_24、C14 のクレード V は、HPV190 の KR816177 と最も高い同一性 (99.13%) を持っています。一方、C31、C32、C38、C40、C42、および C48c を含む Gamma_10 のクレード VI は、互いに 99.62 ～ 100% の同一性を持っています。また、HPV121 参照 GQ845443 との同一性が高くなります (99.67 ～ 100%)。
ICTV の境界基準に基づいて、C16b と C30 が HPV の新種であることを示唆しています。
L1タンパク質に基づくHPV系統樹。ツリーは最尤法を使用して構築されました。解析に使用した進化モデルはLG + F + R6です。この研究で特定された配列は赤色で強調表示されています。 (a) ガンマパピローマウイルス (青)、アルファパピローマウイルス (紫)、ベータパピローマウイルス (オレンジ)、ムパピローマウイルス (緑)、およびヌパピローマウイルス (黄色) 属に分類される HPV 型のすべての参照配列を含む完全なツリー。 (b) ガンマパピローマウイルス属に分類される配列の拡大表示。 (c) アルファパピローマウイルス属に分類される配列の拡大表示
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#卵巣ホルモン刺激後のヒト膣における複数の型のヒトパピローマウイルスの特徴付け #ウイルス学ジャーナル
2024-09-27 10:44:38