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2025-12-20 18:31:00
ドルドレヒト – 地域医学微生物研究所 (RLM) は、スマートフォンほどのサイズのデバイスを使用して、病原体の大きな遺伝物質の断片、さらにはパッケージ全体をマッピングすることができます。ドルドレヒトの研究室は、2026 年から日常診断の特定の状況でこの技術「第 3 世代シーケンス」を使用する予定です (写真: RLM)
いわゆる MinION は、個々の生物の固有の遺伝コードである DNA または RNA の長い配列を迅速に読み取ることができます。これにより、微生物を極めて正確に識別することが可能となる。配列決定とは文字通り、DNA の構成要素である塩基の順序、この場合は順序を決定することを意味します。
この形式の分子診断はPCR検査（コロナで知られる）に似ていますが、より広範かつ洗練されていると医療分子微生物学者のティム・シュールマン氏は説明します。 「PCR検査では、患者から採取した物質と、細菌やウイルスの既知のDNAまたはRNAの一部を比較します。どの病原体が原因物質である可能性があるかを事前に考慮する必要があります。探しているものが正確に分からない場合、適切なPCR検査を使用できない可能性があります。一方、配列決定では、犯人の遺伝暗号をすぐに読み取ることができます。見つかった配列をデータベースまたは他の見つかった配列と比較します。これは、より広範囲に検索できることを意味し、より詳細な情報が得られます。」
付加価値
この方法は、RLM における毎日の細菌学的および分子診断を自動的に置き換えるものではありません。シュールマン氏: 「ほとんどの場合、現在の方法の方が適しています。しかし、配列決定が付加価値をもたらす状況もあります。たとえば、特定の病原体が予想されるが、PCR 検査では何も見つからなかった場合や、原因物質を特定したが、通常は効果があるはずの抗生物質に反応しないことが判明した場合です。配列決定では DNA の変異や突然変異が確認できるため、特定の病原体に対する個々の病原体の耐性に関する情報も提供されます。抗生物質については、医師に別の薬をアドバイスすることができます。」
このようにして、病原体が互いに関連しているかどうかも確認できます。 「これはアウトブレイクの特定と制御に役立ちます」とシュールマン氏は言う。 「ある診療科の複数の患者が同じ細菌による感染症を患っていると仮定すると、彼らが共通の感染源から感染したのか、それとも相互に感染したのかを知りたいと考えます。見つかった微生物に関連性がある場合、それを排除するために 1 つの感染源または原因を探す必要があります。そうでない場合は、このような複雑で時間のかかる調査を省略できます。」
テクノロジー
非常に簡単に言うと、MinION は小さな穴を通して分子を引っ張り、発生する電流の変化を測定することによって DNA または RNA を読み取ります。強力な計算能力を持つリンクされたコンピューターが、そこから塩基配列を推定します。 「この方法はまだ比較的面倒で高価です」とティム・シュールマン氏は言う。 「しかし、これには未来があります。」 RLM は、最善のケアを提供するのに役立つ場合、または多大な労力と高額なコストを回避できる場合に、最初にシーケンスを使用します。
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