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総ゲノムシーケンス:病原体のタイピング

日常業務では、Institute for Hygiene and Environment(NGS@HU)のNGS研究所は、食品監視と発生の説明もサポートしています。ユビキタスな方法は、細菌およびウイルス性病原体のタイピングです。古典的なセロタイピングとは対照的に、対応する分離株は、より正確には、より正確にNGS研究所で配列決定されます。その後、このような完全なゲノムシーケンス(全ゲノムシーケンス、WGS)の後、分離ゲノム全体(アセンブリ)と特定されたすべての遺伝子が機能的コンテキスト(注釈)に割り当てられます。存在に応じて、完全なゲノムシーケンスは、参照ゲノム(参照ベースのアセンブリ対DE NOVOアセンブリ)との比較の有無にかかわらず実行され、マルチロカスシーケンスタイピング(CGMLST、コアゲノムマルチロカスシーケンスタイピング)を有効にするか、または個々のエクスプロイト - ポリモーフィズム(SNP、単一ヌクレオチド多型)の説明。 #総ゲノムシーケンス病原体のタイピング

日常業務では、Institute for Hygiene and Environment(NGS@HU)のNGS研究所は、食品監視と発生の説明もサポートしています。ユビキタスな方法は、細菌およびウイルス性病原体のタイピングです。古典的なセロタイピングとは対照的に、対応する分離株は、より正確には、より正確にNGS研究所で配列決定されます。その後、このような完全なゲノムシーケンス(全ゲノムシーケンス、WGS)の後、分離ゲノム全体(アセンブリ)と特定されたすべての遺伝子が機能的コンテキスト(注釈)に割り当てられます。存在に応じて、完全なゲノムシーケンスは、参照ゲノム(参照ベースのアセンブリ対DE NOVOアセンブリ)との比較の有無にかかわらず実行され、マルチロカスシーケンスタイピング(CGMLST、コアゲノムマルチロカスシーケンスタイピング)を有効にするか、または個々のエクスプロイト – ポリモーフィズム(SNP、単一ヌクレオチド多型)の説明。

#総ゲノムシーケンス病原体のタイピング

執筆者について: nipponese

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