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研究
組織の生物学と疾患メカニズムの研究を合理化するための「Giotto Suite」
ボストン大学チョーバニアン医学部の研究者、ニューヨークのマウントシナイのICAHN医学部とボストンメディカルセンターの研究者は、科学者が健康な状態と疾患状態の両方で組織の分子構造をより簡単に分析できるようにソフトウェアプラットフォームを開発しました。 Giotto Suiteと呼ばれるプラットフォームの詳細は、10月1日に報告されました オンライン問題 自然方法の。
近年、新しい技術により、無傷の組織内でRNAおよびタンパク質の詳細なマップをキャプチャすることが可能になりました。これらの進歩は、細胞がさまざまな組織微小環境でどのように振る舞い、相互作用するかについての貴重な洞察を提供しています。これは、がん、神経変性疾患、免疫障害などの状態を理解するために特に重要です。
Giotto Suiteの複数の長さのスケールとデータモダリティにわたる空間データセットの概念的かつ柔軟な統合を描いた図。 Chen、Chávez-Fuentes、et al。、Nature Methods
「空間的なOMICSテクノロジーは、組織の分子景観に関する非常に豊富なデータを生成していますが、現在の課題はそのデータの分析と解釈にあります」g 元博士、博士号、シナイ山のIcahn医学部の遺伝学およびゲノム科学の教授。 「最大の障害は、もはや情報を生成することではなく、それを理解していることです。生物学者は、これらのデータセットの複雑さとスケールの増加に対応し、意味のある結論を導き出すのに役立つツールを必要とします。分析プロセスを簡素化するだけでなく、さまざまな種類のスペイシャルデータとワークフローにも適応するため、研究者は科学に焦点を当てることができます。」
このニーズを満たすために、研究チームは、データ分析のために広く使用されているプログラミング言語であるRに組み込まれた一連のモジュラーソフトウェアツールであるGiotto Suiteを作成しました。このツールは、任意のプラットフォームからの空間データを使用するように設計されており、さまざまな種類の測定や解像度にわたるデータ統合など、幅広い分析をサポートしています。その柔軟な構造により、ユーザーは研究のニーズに応じて、複数のポイントから分析を開始することもできます、と調査員は言います。
ルーベンドライス博士
「多くの既存のツールでは、ユーザーが複数のパッケージを組み合わせて完全な分析を完了する必要があります」と、共同シニアに対応する著者は言います ルーベンは乾燥します、博士号、Bu Chobanian＆Avedisian School of Medicineの医学、血液学および医療腫瘍学助教授、 再生医療センター （CREM）。 「このツールは、プロセスを合理化することを目的とした単一のフレームワークにこれらのステップをもたらします。また、空間データセットの大きさと複雑さの増加に対応するためにスケーラビリティを念頭に置いて開発しました。私たちの目標は、他の研究者が空間データから新しい洞察を明らかにするのに役立つプラットフォームを開発することでした。」
研究者は、現在のバージョンには、利用可能な分析方法のサブセットのみが含まれていることを警告しました。しかし、彼らは、プラットフォームが進化することを目的としており、その機能の拡大を継続し、外部ソフトウェアパッケージとの相互運用性を高め、研究コミュニティにトレーニングとサポートを提供することを目的としていることを強調しました。
先を見据えて、研究者は科学界からのフィードバックに基づいてツールを改良し続けながら、癌と神経変性疾患の研究でジョットスイートを適用することを計画しています。このツールは、研究者が自由に利用できます http://giottosuite.com、そしてチームは、生物医学研究における空間的OMICSテクノロジーのより広範な使用を促進することを望んでいます。
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#新しいソフトウェアツールは科学者が組織からの複雑な空間データをよりよく分析できるようにすることを目指しています