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2025-12-02 12:20:00
私たちの中や周囲に生息する微生物のコミュニティであるマイクロバイオームは、人間の健康から土壌の肥沃度、気候の制御に至るまで、あらゆる面で重要な役割を果たしています。しかし、特に人体の外でこれらの小さな生命体を研究することは、大きな課題を突きつけます。それは、科学者がこれほど広範囲の環境や分野にわたって複雑なデータをどのように共有するのかということです。
この問題の解決を支援するために、28 か国の約 250 人の研究者からなるチームが、STREAMS (略称) と呼ばれる新しいガイドライン セットを開発しました。 環境および宿主関連マイクロバイオーム研究における技術報告の基準。 STREAMS は、ヒトのマイクロバイオーム研究で広く採用されているチェックリストである STORMS の成功を基礎としており、土壌、水、空気、動物、植物、さらには合成環境に存在する微生物を網羅するように拡張されています。
STREAMS ガイドラインの筆頭著者であり、ミシガン州立大学の微生物学、遺伝学、免疫学学部の博士課程の学生である Julia Kelliher 氏は、2006 年 10 月 1 日に発表された新しい論文の中で、新しいフレームワークの必要性を説明しました。 自然微生物学。
ケリハー氏は、STREAMS は研究者、学生、査読者が環境、非人間宿主関連、および合成コミュニティに関する原稿を検討するのに役立つ一連の報告ガイドラインであると説明しました。このガイドラインは科学論文の構造別に整理されており、許可情報や再利用データの適切な引用などの重要な詳細が見落とされないようにするのに役立ちます。
ケリハー氏の STREAMS に対する希望は単純です。
私はただ何人かの人々、特に学生たちを助けたいだけです。アクセシビリティを確保するために、チュートリアル、ユーザー ガイド、さらには頭字語のリストを作成しました。彼らの仕事をより簡単に、より良くするものであってほしいと思っています。」
Julia Kelliher 氏、ミシガン州立大学微生物学・遺伝学・免疫学部博士課程学生
「これらの報告ガイドラインがあることで、研究者から査読者、出版社に至るまで、全員がより効果的に協力できるようになります」とケリハー氏は付け加えた。
このガイドラインは、米国微生物学会微生物会議と協力して開催されたワークショップから生まれました。このワークショップでは、研究者、データリポジトリの代表者、ジャーナル編集者、資金提供機関を含む50人の参加者が、環境マイクロバイオーム研究におけるより良い報告基準の必要性について議論しました。
「私たちはあらゆる形態のキャリアステージにおいて多様性を確保することを非常に意識していました」とケリハー氏は語った。 「最高のアイデアの中には、メタデータを収集している若手研究者から得たものもあります。彼らも喜んで参加してくれました。」
STREAMS には、研究者が科学論文の各セクションをガイドする 67 のチェックリスト項目が含まれており、明確かつ一貫した執筆が容易になります。また、機械可読になるように設計されているため、コンピューターを使用して研究をより効率的に分析および比較できます。このガイドラインは既存のメタデータ標準に準拠しており、研究者がデータを公共データベースに送信しやすくする機能が含まれています。
STREAMS とその前身である STORMS の大きな違いの 1 つはスコープです。 STORMS がヒトのマイクロバイオームに焦点を当てているのに対し、STREAMS は環境および非ヒト宿主関連の研究という独特の課題に取り組んでいます。 「環境マイクロバイオームの研究には、人間の側からは解釈できない注意事項がたくさんあります」とケリハー氏は言う。 「用語、データの種類、さらにはサンプルの収集方法さえも、すべて異なります。」
STREAMS チームは、研究における人工知能の使用など、新たな実践を反映する新しい項目も追加しました。 「すべてのジャーナルがAI使用状況の報告を義務付ける同じ段階にあるわけではない」と彼女は言う。 「私たちは、STREAMS がそれに確実に対処できるようにしたかったのです。」
何百人もの寄稿者からの意見を管理するのは簡単な作業ではありませんでした。ケリハー氏は 1,100 件を超えるフィードバックを個人的に検討し、すべてのコメントが考慮されていることを確認するために 100 ページの回答文書を作成しました。 「それは間違いなく挑戦でした」と彼女は語った。 「私たちはフィードバックの一つ一つを本当に大切にしているということを参加者に示したかったし、彼らもそう感じたと思います。」
STREAMS は「生きた」リソースになるように設計されています。チームはコミュニティからのフィードバックに基づいて定期的に更新する予定で、ガイドラインの解析に役立つ大規模な言語モデルを使用する論文の作成にすでに取り組んでいます。
ケリハー氏の STREAMS への道は、決して伝統的なものではありませんでした。もともと神経科学と衣装デザインの訓練を受けた彼女は、スキッドモア大学の 4 年生のときに偶然ニューメキシコ州に移住した後、ロスアラモス国立研究所で働いていることに気づきました。 「マイクロバイオームプロジェクトには学部生が必要だと言う研究者数人と一緒にハイキングをしていました」と彼女は思い出した。 「面接を受けて仕事をもらい、それ以来、約十件のバイオサイエンスプロジェクトに取り組んできました。」
ケリハーはロスアラモスに8年間在籍している。学部を修了した後、研究室でパートタイムで働きながら、ジョンズ・ホプキンス大学で修士号を取得しました。現在、彼女はミシガン州立大学で博士号の取得を目指しながら、ロスアラモスでの研究を続けています。 「私は博士課程の傍ら今でも働いていますが、それはお勧めしません」と彼女は笑いながら語った。 「確かに私はいつもとても疲れています。」彼女はまた、ニューメキシコ州の 3 つの研究大学によって設立された非営利法人であるニューメキシコ コンソーシアムと共同任命しており、このプロジェクトを通じて国立科学財団の資金提供を受けています。
ロス アラモスでの彼女の経験は、National Microbiome Data Collaborative などのエネルギー省の大規模プログラムでの取り組みと相まって、STREAMS イニシアチブを主導する立場にありました。彼女は、ローレンス・バークレー国立研究所の上級著者エミリー・エロエ・ファドロシュ氏およびSTORMSガイドラインの筆頭著者であるクロエ・ミルザイ氏とこの研究に協力している。
ソース：
参考雑誌:
#国際協力によりマイクロバイオームデータを標準化するSTREAMSを開発